เกาะกูดเริ่มปรากฏหลักฐานตั้งแต่รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช เมื่อองเชียงสือ เจ้าเมืองญวนที่เข้ามาพึ่งพระบรมโพธิสมภารของพระองค์ หนีออกจากกรุงเทพมหานครมาลงเรือที่เกาะสีชัง จากนั้นแล่นเรือชักใบในอ่าวไทยมา 7 วันจึงถึงเกาะกูดที่ไม่มีคนอยู่เลย

ชนพื้นถิ่นดั้งเดิมของเกาะกูดส่วนใหญ่เป็นคนไทยที่อพยพมาจากเมืองปัจจันตคีรีเขตร์ (เกาะกง) ที่ตกเป็นเมืองขึ้นของฝรั่งเศสเมื่อปี พ.ศ. 2447 มีหมู่บ้านคลองมาดเป็นหมู่บ้านที่เก่าแก่ที่สุด

เดิมเกาะกูดเป็นหมู่บ้านขึ้นกับตำบลเกาะหมาก อำเภอแหลมงอบ ต่อมาได้ยกฐานะขึ้นเป็นตำบลเกาะกูด ในปี พ.ศ. 2523 ตัวเกาะกูดมีระยะทางห่างจากอำเภอคลองใหญ่ประมาณ 40 กิโลเมตร ประชาชนชาวเกาะกูดมีความยากลำบากในการเดินทางไปติดต่อราชการ ประกอบกับเกาะกูดอยู่ใกล้ดินแดนประเทศกัมพูชาด้านเกาะกงมากกว่าฝั่งไทย ทางราชการจึงมีนโยบายเพื่อความมั่นคงและอำนวยความสะดวกแก่ประชาชน โดยได้ยกฐานะเกาะกูดและเกาะข้างเคียงขึ้นเป็น กิ่งอำเภอเกาะกูด ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 19 มกราคม พ.ศ. 2533 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน ปีเดียวกัน[1] และต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาลงวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ยกฐานะขึ้นเป็น อำเภอเกาะกูด โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[2]