อำเภอเกาะจันทร์เดิมมีสภาพพื้นที่เป็นป่าอุดมสมบูรณ์ ประกอบด้วยไม้นานาพรรณ และมีต้นจันทน์ขึ้นเป็นจำนวนมากกว่าที่ใด ๆ ชาวบ้านจึงเรียกกันติดปากและขนานนามว่า "เกาะจันทร์" ท้องที่อำเภอเกาะจันทร์เดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอพนัสนิคม ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอเกาะจันทร์ ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2540 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม ปีเดียวกัน[1] และต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาลงวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ยกฐานะขึ้นเป็น อำเภอเกาะจันทร์ โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[2]