ท้องที่อำเภอเขาคิชฌกูฏเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอมะขาม ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอเขาคิชฌกูฏ ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเมื่อวันที่ 14 มิถุนายน พ.ศ. 2536 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม ปีเดียวกัน[2] และต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาลงวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ยกฐานะขึ้นเป็น อำเภอเขาคิชฌกูฏ โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[3]