อำเภอเขื่องใน ถูกตั้งตาม “บ้านเขื่องใน” ซึ่งจำเดิมชื่อ “เขี่ยงใน” เพราะภาษาอีสานโบราณไม่มีสระเอือ (เ-อื) เมื่อมีการเรียนภาษาไทยจึงกลายมาเป็น “เขื่องใน” หมู่บ้านเขี่ยงใน ตั้งชื่อตามชื่อหนองน้ำชื่อ “หนองเขี่ยง ” ซึ่งมีลักษณะเป็นแอ่งน้ำลึกประมาณ 1 –2 เมตร ในหน้าฝน คล้าย “เขี่ยงปลา” หรือที่ปลาเตรียมวางไข่ในน้ำในฤดูฝน ชาวบ้านเรียก “เขี่ยงปลา” เป็นกลุ่มหมู่บ้านซึ่งประกอบด้วยบ้านเขื่องใน บ้านเขื่องกลาง บ้านสว่าง และบ้านหนองใส ส่วนบ้านกวางคำ หรือบ้านโนนธาตุ เป็นอีกหมู่บ้านหนึ่งที่ตั้งมาพร้อมกับบ้านเขื่องใน

อำเภอเขื่องใน ได้รับการจัดตั้งให้เป็นอำเภอตาม พ.ร.บ.ลักษณะการปกครองท้องที่ พ.ศ. 2440 โดยตาม พ.ร.บ. ดังกล่าว พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงสรรพสิทธิประสงค์ ทรงให้แบ่งบริเวณอุบลราชธานี ออกเป็น 3 เมือง คือ เมืองอุบลราชธานี เมืองเขมราษฎร์ธานี และเมืองยศสุนทร ในพื้นที่เมืองอุบลราชธานี มี 11 อำเภอ หนึ่งในนั้นคือ “อำเภอปจิมูปลนิคม” เป็นชื่อพระราชทานมาจากกรุงเทพฯ ต่อมาปี พ.ศ. 2456 ได้เปลี่ยนเป็นชื่ออำเภอตระการพืชผล จนกระทั่งเมื่อวันที่ 14 เมษายน พ.ศ. 2460 มีการเปลี่ยนชื่ออำเภอใหม่อีกครั้งหนึ่งเป็นอำเภอเขื่องในจนมาถึงปัจจุบัน[1]