ในปี พ.ศ. 2413 รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระเจ้าอินทวิชยานนท์ (พระเจ้านครเชียงใหม่) ได้ทรงส่งใบบอกข้อราชการไปยังกรุงเทพมหานครว่า มีชาวพม่า ไทลื้อ และไทเขิน จากเมืองเชียงตุงประมาณ 300 ครอบครัวได้อพยพลงมาอยู่เมืองเชียงแสนและตั้งตนเป็นอิสระไม่ยอมอยู่ใต้การปกครองของสยามและล้านนา จึงแต่งคนไปว่ากล่าวให้ถอยออกจากเมือง ถ้าอยากจะอยู่ ให้อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของเมืองเชียงรายและนครเชียงใหม่ แต่ก็ไม่ได้ผล ไม่มีใครยอมออกไป

ในปี พ.ศ. 2417 พระเจ้านครเชียงใหม่จึงทรงเกณฑ์กำลัง 4,500 คน จากเมืองต่าง ๆ ยกทัพจากนครเชียงใหม่มาเมืองเชียงรายและ เมืองเชียงแสน ไล่คนเหล่านั้นออกจากเมืองเชียงแสน จึงทำให้เชียงแสนกลายเป็นเมืองร้าง จนถึงปี พ.ศ. 2423 ได้ทรงให้เจ้าอินต๊ะ พระโอรสในพระเจ้าลำพูนไชย เป็นพระยาราชเดชดำรง เจ้าเมืองเชียงแสน และให้พระเจ้าลำพูนไชยทรงเกณฑ์ราษฎรจากหลาย ๆ เมืองประมาณ 1,500 ครอบครัว ขึ้นมาตั้งรกราก "ปักซั้งตั้งถิ่น" อยู่ที่เมืองเชียงแสนจวบจนถึงปัจจุบัน

ต่อมาในปี พ.ศ. 2442 ทางราชการได้ย้ายศูนย์การปกครองเมืองไปอยู่ที่ตำบลกาสา เรียกชื่อว่า อำเภอเชียงแสน ส่วนบริเวณเมืองเชียงแสนเดิมถูกยุบลงเป็น กิ่งอำเภอเชียงแสนหลวง[1] ขึ้นกับอำเภอเชียงแสน และต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น กิ่งอำเภอเชียงแสน ในปี พ.ศ. 2482 (โดยอำเภอเชียงแสนซึ่งตั้งอยู่ที่ตำบลกาสานั้นได้เปลี่ยนชื่อเป็นอำเภอแม่จันแทน[2]) จนกระทั่งได้รับการยกฐานะเป็น อำเภอเชียงแสน ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2500 เป็นต้นมา[3] ในวันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2554 เกิดเหตุสังหารหมู่ลูกเรือชาวจีน 13 ราย ที่อำเภอเชียงแสน โดยทางตำรวจไทยได้ฟ้องร้องทหารไทยต่ออัยการว่ามีส่วนร่วมในการสังหารลูกเรือชาวจีน ต่อมาได้มีการสืบสวนพบว่า สังหารหมู่ลูกเรือชาวจีน 13 ราย เป็นฝีมือของ "หน่อคำ" นักค้ายาเสพติดรายใหญ่ เป็นหัวหน้าในการปล้นและฆ่าคนในลุ่มแม่น้ำโขงเกี่ยวกับขบวนเรือต่าง ๆ ที่ผ่านเส้นทางดังกล่าวอยู่เสมอ และเป็นอดีตทหารไทยใหญ่ กองทัพเมืองไต ลูกน้องขุนส่า มีประวัติไม่มีที่อยู่ที่ชัดเจน เขาใช้ชีวิตหลบหนีไปมาระหว่างเมืองสามพลู เขตรอยต่อของประเทศพม่าและจีน โดยศาลตัดสินโทษประหารชีวิตด้วยการฉีดยาพิษ (วันที่ 1 มี.ค. 2556) [4]