ท้องที่อำเภอเนินขามเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอหันคา ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอเนินขาม ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2540 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม ปีเดียวกัน[1] และในวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 จึงมีพระราชกฤษฎีกายกฐานะขึ้นเป็น อำเภอเนินขาม โดยให้มีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[2]