มุกดาหารเคยเป็น "เมือง" มาก่อนถึง 173 ปี ก่อนถูกยุบเป็นอำเภอเมืองมุกดาหาร ขึ้นกับเมืองนครพนม แล้วจึงได้เปิดที่ว่าการอำเภอเมืองมุกดาหาร 1 ตุลาคม พ.ศ. 2450 จนถึง พ.ศ. 2459 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศให้เปลี่ยนคำว่าเมือง เป็นจังหวัด ให้เหมือนกันหมดทั่วราชอาณาจักร ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 19 พฤษภาคม พ.ศ. 2459 (ราชกิจจานุเบกษา) เมืองนครพนม จึงเปลี่ยนเป็น จังหวัดนครพนม และอำเภอเมืองมุกดาหาร ก็เปลี่ยนเป็นอำเภอมุกดาหาร ขึ้นกับจังหวัดนครพนม ในการปกครองของมณฑลอุดร

พ.ศ. 2525 รัฐบาลได้ออกพระราชบัญญัติจัดตั้งจังหวัดมุกดาหาร พ.ศ. 2525 ยกฐานะอำเภอมุกดาหารเป็นจังหวัด ตั้งแต่วันที่ 27 กันยายน 2525 และเป็นจังหวัดมุกดาหารถึงปัจจุบัน[1]

• วันที่ 12 กันยายน 2481 ยุบตำบลหนองสูงเหนือ รวมกับตำบลหนองสูงใต้ และตั้งชื่อว่าตำบลหนองสูง[2]
• วันที่ 20 พฤษภาคม 2484 แยกพื้นที่ตำบลคำชะอี ตำบลหนองสูง ตำบลบ้านซ่ง ตำบลบ้านค้อ ตำบลบ้านเหล่า และตำบลหนองเอี่ยน อำเภอมุกดาหาร มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอคำชะอี ขึ้นกับอำเภอมุกดาหาร[3]
• วันที่ 20 มกราคม 2496 ตั้งตำบลดงเย็น แยกออกจากตำบลศรีบุญเรือง และตำบลโพธิ์ชัย[4]
• วันที่ 17 กันยายน 2498 จัดตั้งสุขาภิบาลมุกดาหาร ในท้องที่บางส่วนของตำบลมุกดาหาร และตำบลศรีบุญเรือง[5]
• วันที่ 5 มิถุนายน 2499 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอคำชะอี อำเภอมุกดาหาร เป็น อำเภอคำชะอี[6]
• วันที่ 5 กุมภาพันธ์ 2506 แยกพื้นที่ตำบลดอนตาล และตำบลโพธิ์ไทรย์ อำเภอมุกดาหาร มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอดอนตาล ขึ้นกับอำเภอมุกดาหาร[7]
• วันที่ 5 พฤษภาคม 2507 ตั้งตำบลบางทรายใหญ่ แยกออกจากตำบลมุกดาหาร และตั้งตำบลป่าไร่ แยกออกจากตำบลดอนตาล[8]
• วันที่ 31 พฤษภาคม 2509 จัดตั้งสุขาภิบาลดอนตาล ในท้องที่บางส่วนของตำบลดอนตาล[9]
• วันที่ 20 กันยายน 2509 ตั้งตำบลคำอาฮวน แยกออกจากตำบลศรีบุญเรือง และตำบลดงเย็น ตั้งตำบลคำป่าหลาย แยกออกจากตำบลหว้านใหญ่ และตำบลบ้านโคก ตั้งตำบลนิคมคำสร้อย แยกออกจากตำบลนากอก ตั้งตำบลนาอุดม แยกออกจากตำบลดงเย็น ตั้งตำบลบ้านบาก แยกออกจากตำบลดอนตาล และตำบลป่าไร่ ตั้งตำบลเหล่าหมี แยกออกจากตำบลโพธิ์ไทรย์ และตำบลดอนตาล[10]
• วันที่ 7 ตุลาคม 2512 จัดตั้งนิคมสร้างตนเอง ในท้องที่อำเภอมุกดาหาร[11]
• วันที่ 28 กันยายน 2514 ตั้งตำบลกกแดง แยกออกจากตำบลนิคมคำสร้อย ตั้งตำบลนาสีนวน แยกออกจากตำบลศรีบุญเรือง[12]
• วันที่ 19 ตุลาคม 2514 ตั้งตำบลนาสะเม็ง แยกออกจากตำบลดอนตาล ตำบลเหล่าหมี และตำบลบ้านบาก[13]
• วันที่ 12 กันยายน 2515 ตั้งตำบลหนองแวง แยกออกจากตำบลนากอก[14]
• วันที่ 8 พฤษภาคม 2516 จัดตั้งสุขาภิบาลนิคมคำสร้อย ในท้องที่บางส่วนของตำบลนิคมคำสร้อย[15]
• วันที่ 28 มีนาคม 2517 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอดอนตาล อำเภอมุกดาหาร เป็น อำเภอดอนตาล[16]
• วันที่ 3 มิถุนายน 2518 แยกพื้นที่ตำบลนิคมคำสร้อย ตำบลนากอก ตำบลนาอุดม ตำบลหนองแวง และตำบลกกแดง อำเภอมุกดาหาร มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอนิคมคำสร้อย ขึ้นกับอำเภอมุกดาหาร[17]
• วันที่ 16 ตุลาคม 2518 ยกเลิกพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งนิคมสร้างตนเอง ในท้องที่อำเภอมุกดาหาร วันที่ 7 ตุลาคม 2512 และจัดตั้งนิคมสร้างตนเอง ในท้องที่อำเภอคำชะอี และอำเภอมุกดาหาร[18]
• วันที่ 11 มีนาคม 2520 จัดตั้งศาลจังหวัดมุกดาหาร[19]
• วันที่ 5 กรกฎาคม 2520 ตั้งตำบลป่งขาม แยกออกจากตำบลหว้านใหญ่ ตั้งตำบลบางทรายน้อย แยกออกจากตำบลบางทรายใหญ่[20]
• วันที่ 11 สิงหาคม 2520 โอนพื้นที่หมู่ 14 (ในขณะนั้น) บ้านร่มเกล้า ของตำบลหนองสูงใต้ อำเภอคำชะอี มาขึ้นกับตำบลนิคมคำสร้อย กิ่งอำเภอนิคมคำสร้อย อำเภอมุกดาหาร[21]
• วันที่ 27 กันยายน 2520 แยกพื้นที่ตำบลหว้านใหญ่ ตำบลป่งขาม และตำบลบางทรายน้อย อำเภอมุกดาหาร มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอหว้านใหญ่ ขึ้นกับอำเภอมุกดาหาร[22]
• วันที่ 31 ตุลาคม 2521 ตั้งตำบลดงมอน แยกออกจากตำบลผึ่งแดด ตั้งตำบลโชคชัย แยกออกจากตำบลนิคมคำสร้อย[23]
• วันที่ 25 มีนาคม 2522 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอนิคมคำสร้อย อำเภอมุกดาหาร เป็น อำเภอนิคมคำสร้อย[24]
• วันที่ 2 ตุลาคม 2522 ตั้งตำบลกุดแข้ แยกออกจากตำบลโพนทราย[25]
• วันที่ 27 สิงหาคม 2525 แยกพื้นที่อำเภอมุกดาหาร อำเภอคำชะอี อำเภอดอนตาล อำเภอนิคมคำสร้อย กิ่งอำเภอดงหลวง และกิ่งอำเภอหว้านใหญ่ จังหวัดนครพนม มาตั้งเป็น จังหวัดมุกดาหาร โดยโอนกิ่งอำเภอดงหลวง อำเภอนาแก มาขึ้นกับอำเภอมุกดาหาร และเปลี่ยนชื่ออำเภอมุกดาหาร เป็นอำเภอเมืองมุกดาหาร[26]
• วันที่ 21 เมษายน 2526 ยกฐานะจากสุขาภิบาลมุกดาหาร เป็นเทศบาลเมืองมุกดาหาร[27]
• วันที่ 26 กรกฎาคม 2526 ตั้งตำบลชะโนด แยกออกจากตำบลหว้านใหญ่[28]
• วันที่ 30 สิงหาคม 2526 ตั้งตำบลชโนดน้อย แยกออกจากตำบลหนองบัว[29]
• วันที่ 26 กรกฎาคม 2527 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอดงหลวง อำเภอเมืองมุกดาหาร เป็น อำเภอดงหลวง[30]
• วันที่ 30 ตุลาคม 2527 ตั้งตำบลพังแดง แยกออกจากตำบลหนองแคน[31]
• วันที่ 31 สิงหาคม 2531 ตั้งตำบลดงหมู แยกออกจากตำบลป่งขาม[32]
• วันที่ 27 ธันวาคม 2531 โอนพื้นที่หมู่ 5 บ้านเขามโนรมย์ และหมู่ 10 บ้านคำภูเงิน (ในตอนนั้น) จากตำบลศรีบุญเรือง ที่อยู่นอกเขตเทศบาลเมืองมุกดาหาร ไปตั้งเป็นหมู่ 9 และ 10 ของตำบลนาสีนวน[33]
• วันที่ 30 พฤษภาคม 2532 โอนพื้นที่หมู่ 9 (ในขณะนั้น) บ้านนาแพง ของตำบลคำป่าหลาย มาขึ้นกับตำบลหว้านใหญ่ กิ่งอำเภอหว้านใหญ่[34]
• วันที่ 9 เมษายน 2535 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอหว้านใหญ่ อำเภอเมืองมุกดาหาร เป็น อำเภอหว้านใหญ่[35]