เดิมเป็นหมู่บ้านตั้งอยู่ในกลางผืนป่าดงบังอี่ ชื่อว่า บ้านเลิงนกทา ขึ้นกับอำเภอบุ่ง จังหวัดอุบลราชธานี และถูกยกฐานะขึ้นเป็นกิ่งอำเภอขึ้นอยู่ในความปกครองของอำเภอบุ่ง จังหวัดอุบลราชธานี (ปัจจุบันคืออำเภอเมืองอำนาจเจริญ จังหวัดอำนาจเจริญ) โดยรวมเอาตำบลกุดเชียงหมี ตำบลบุ่งค้า ของอำเภออำนาจเจริญ และตำบลส้มผ่อ (ปัจจุบันคือตำบลส้มผ่อ อำเภอไทยเจริญ จังหวัดยโสธร) ตำบลห้องแซง ของอำเภอยโสธร จังหวัดอุบลราชธานี ตั้งเป็นกิ่งอำเภอเลิงนกทา เมื่อวันที่ 1 กันยายน พุทธศักราช 2480 ตั้งที่ว่าการกิ่งอำเภอเลิงนกทาที่บ้านเลิงนกทา ตำบลส้มผ่อ (ปัจจุบันเป็นบ้านเลิงนกทา หมู่ที่ 2 ตำบลสวาท อำเภอเลิงนกทา)

ต่อมาเมื่อวันที่ 1 พฤศจิกายน พุทธศักราช 2490 ได้ยกฐานะขึ้นเป็นอำเภอเลิงนกทา จังหวัดอุบลราชธานี และปีพุทธศักราช 2506 ได้รับอนุมัติให้ย้ายสถานที่ราชการออกมาตั้งอยู่ติดถนนชยางกูร (สายอุบลราชธานี-นครพนม) บริเวณหลักกิโลเมตรที่ 116 บ้านสามแยก หมู่ที่ 18 ตำบลสวาท อำเภอเลิงนกทา (ปัจจุบันเป็นหมู่ที่ 11 ตำบลสามแยก อำเภอเลิงนกทา) เนื่องจากบริเวณบ้านสามแยกมีการคมนาคมที่สะดวก และเป็นศูนย์กลางระหว่างตำบลต่างๆ เหมาะสมกว่าบ้านเลิงนกทาเก่า

ช่วงปีพุทธศักราช 2508 พื้นที่อำเภอเลิงนทา อำเภอชานุมาน และกิ่งอำเภอเสนางคนิคม จังหวัดอุบลราชธานี ซึ่งมีผืนป่าดงบังอี่และแนวเขาสลับซับซ้อนรอยต่อกับกิ่งอำเภอดอนตาล จังหวัดนครพนม เกิดการซ่องสุ่มผู้ก่อการร้าย (คอมมิวนิสต์) เพื่อต่อสู้กับรัฐบาลในสมัยนั้น โดยตั้งฐานที่มั่นอยู่บริเวณภูสระดอกบัว หรือเขตงาน กจ.444 อุบลเหนือ (ภูสระดอกบัว)

ต่อมาวันที่ 1 มีนาคม 2515 ได้มีการจัดตั้งจังหวัดยโสธรขึ้น อำเภอเลิงนกทาจึงได้ย้ายมาขึ้นกับจังหวัดยโสธรนับแต่บัดนั้น ต่อมาปีพุทธศักราช 2535 อำเภอเลิงนกทาได้แยกพื้นที่ตำบลคำเตย ตำบลส้มผ่อ ตำบลน้ำคำ ตำบลคำไผ่ และตำบลไทยเจริญออกมาจัดตั้งเป็นอำเภอไทยเจริญ จังหวัดยโสธร

คำว่า "เลิงนกทา" มาจากคำว่า เลิง + นกทา เลิง หมายถึง ที่ลุ่มมีแอ่งน้ำ , นกทา หมายถึง นกชนิดหนึ่งคล้ายไก่ต๊อก เหตุที่เรียกที่นี่ว่า "เลิงนกทา" เพราะสมัยก่อนมีนกทาเป็นจำนวนมากอาศัยอยู่ตามที่ลุ่ม และหนองน้ำซึ่งมีกระจัดกระจายตามพื้นที่