เมื่อประมาณ ร.ศ. 119 อำเภอโคกโพธิ์ขึ้นอยู่กับเมืองหนองจิกซึ่งเป็น 1 ใน 7 หัวเมืองที่แยกออกมาจากเมืองปัตตานีเดิม ได้แก่ ปัตตานี หนองจิก ยะหริ่ง สายบุรี ยะลา ระแงะ และรามัน ต่อมา ร.ศ. 125 ได้สถาปนาเป็นมณฑลปัตตานีขึ้น

โคกโพธิ์ได้ยกฐานะเป็นอำเภอแยกจากอำเภอหนองจิกเป็นอำเภอใหม่ มีชื่อว่า อำเภอเมืองเก่า ตั้งอยู่ที่หมู่ที่ 1 บ้านนาเกตุ ตำบลมะกรูด ต่อมาจึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น อำเภอมะกรูด ตามชื่อตำบลที่ตั้งที่ว่าการอำเภอ

ปี พ.ศ. 2472 พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 7) ได้เสด็จมาทอดพระเนตรสุริยุปราคา จึงได้พิจารณาหาสถานที่เป็นที่ประทับ และตั้งกล้องดูดาวทรงเห็นว่าหลังสถานีรถไฟโคกโพธิ์ซึ่งเป็นที่ว่าการอำเภอในปัจจุบัน มีสภาพเหมาะสมได้สร้างพลับพลาและที่พักสำหรับเจ้าหน้าที่ และเมื่อเสร็จการรับเสด็จ ที่ก่อสร้างนั้นมีอาคารหลายหลังที่สามารถใช้เป็นที่ว่าการอำเภอและบ้านพักจึงได้ย้ายมาสถานที่แห่งนี้ และปี พ.ศ. 2482 ได้เปลื่ยนชื่อจากอำเภอมะกรูดมาเป็น อำเภอโคกโพธิ์ ตามชื่อของตำบลของอำเภอโคกโพธิ์จนปัจจุบันมีอายุถึง 97 ปี