อำเภอโจโฮร์บะฮ์รู (มลายู: Daerah Johor Bahru) เป็นอำเภอที่อยู่ทางใต้ของรัฐยะโฮร์, ประเทศมาเลเซีย โดยมีเขตชานเมืองที่กินพื้นที่ไป 1,063.97 km2 (410.80 sq mi) และมีประชากร 1.33 ล้านคน ซึ่งมีโจโฮร์บะฮ์รูเป็นเมืองหลวง และอิซกันดาร์ปูเตอรีเป็นเมืองหลวงเขตปกครอง ชายแดนทางตะวันตกติดกับอำเภอปนเตียน ทางตะวันออกติดกับอำเภอโกตาติงกี ทางเหนือติดกับอำเภอกูไล และทางใต้ติดกับช่องแคบโจโฮร์ ส่วนเขตเมืองถูกแบ่งเป็นเมืองโจโฮร์บะฮ์รูกับอิซกันดาร์ปูเตอรี และเทศบาลปาซีร์กูดังที่ว่าการอำเภอตั้งอยู่ในโจโฮร์บะฮ์รู