ในต้นรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พื้นที่ตอนในระหว่างแม่น้ำเจ้าพระยากับแม่น้ำท่าจีนทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือของพระนครยังคงเป็นป่าขนาดใหญ่ มีอาณาบริเวณครอบคลุมรอยต่อระหว่างอำเภอไทรน้อยของจังหวัดนนทบุรี อำเภอลาดหลุมแก้วของจังหวัดปทุมธานี อำเภอลาดบัวหลวงของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา และอำเภอบางเลนของจังหวัดนครปฐมในปัจจุบัน สภาพพื้นที่ของป่าเป็นที่ราบลุ่ม บางแห่งเป็นหนองน้ำ และมีสัตว์ป่า เช่น ช้าง เสือ กวาง อาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก[3] ไม้ยืนต้นขนาดใหญ่ที่ขึ้นปกคลุมพื้นที่แห่งนี้นอกจากจะมีต้นไทร ต้นยาง และต้นประดู่แล้ว ยังมีต้นกระทุ่มที่ขึ้นกันแน่นทึบจนแสงสว่างลอดผ่านลงพื้นดินได้น้อย ผืนป่าแห่งนี้จึงเป็นที่รู้จักกันในชื่อ ป่ากระทุ่มมืด[4]

หลังจากที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้ขุดคลองทวีวัฒนาและคลองนราภิรมย์ระหว่าง พ.ศ. 2420-2423 จึงเริ่มมีชาวเมืองนนทบุรีและชาวบ้านจากถิ่นอื่นเข้าไปจับจองที่ดินชายป่ากระทุ่มมืดด้านใต้ตามสองฝั่งคลองนั้น[5] จากนั้นพระราชาภิมณฑ์ (เพ็ง) ได้ขุดคลองพระราชาภิมณฑ์ (ปัจจุบันเรียกว่าคลองพระพิมล) จากคลองบางบัวทองตอนปลายตรงเข้าไปในป่ากระทุ่มมืด ซึ่งเป็นช่วงเวลาระหว่าง พ.ศ. 2433-2442[6] ระหว่างนั้นยังคงมีราษฎรเข้าไปตั้งหลักแหล่งและบุกเบิกแผ้วถางป่าอย่างไม่ขาดสาย ป่ากระทุ่มมืดที่กว้างใหญ่ค่อย ๆ เปลี่ยนสภาพเป็นผืนนาและเกิดชุมชนชาวนากระจายอยู่ทั่วไป นอกจากนี้ยังมีผลให้อาณาเขตของเมืองนนทบุรีขยายลึกเข้าไปในแขวงเมืองประทุมธานี เมืองนครปฐม และกรุงเก่าเดิมอีกด้วย[7]

เมื่อมีการปฏิรูปการปกครองหัวเมืองต่าง ๆ ให้เป็นระบบมณฑลเทศาภิบาล แนวป่าและทุ่งกระทุ่มมืดในแขวงเมืองนนทบุรีได้กลายเป็นท้องที่หนึ่งของ "อำเภอบ้านแหลมใหญ่และเกาะศาลากุน"[8] ไม่นานนักอำเภอดังกล่าวก็ถูกยุบเลิกไปเมื่อมีการจัดตั้งอำเภอบางบัวทองและอำเภอปากเกร็ดขึ้นแทนที่เมื่อราว พ.ศ. 2443-2444[8] นับแต่นั้นชุมชนต่าง ๆ ในหนองเพรางายและทุ่งกระทุ่มมืดซึ่งได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นตำบลหนองเพรางาย ตำบลไทรใหญ่ และตำบลหนองไทร (ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นไทรน้อยเพื่อให้สอดคล้องกับชื่อวัดไทรใหญ่และตำบลไทรใหญ่)[9] ก็ขึ้นอยู่กับอำเภอบางบัวทองเรื่อยมา เมื่อถึงปี พ.ศ. 2483 ทางราชการได้แยกพื้นที่บางส่วนจากตำบลไทรใหญ่และตำบลละหารออกมาตั้งเป็นตำบลเพิ่มอีกหนึ่งแห่ง ใช้ชื่อว่า ตำบลราษฎร์นิยม[10]

ครั้นในปี พ.ศ. 2486 ประเทศไทยประสบปัญหาเศรษฐกิจตกต่ำอย่างหนักเพราะได้รับผลกระทบจากสงครามโลกครั้งที่ 2 สภาผู้แทนราษฎรในสมัยนั้นมีมติให้ออกพระราชบัญญัติยุบจังหวัดนนทบุรีลงเพื่อเป็นการประหยัดงบประมาณราชการ ทำให้ท้องที่อำเภอบางบัวทองซึ่งครอบคลุมถึงบริเวณทุ่งกระทุ่มมืดไทรน้อยถูกโอนไปขึ้นกับจังหวัดธนบุรี[11] จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2489 ได้มีพระราชบัญญัติจัดตั้งจังหวัดนนทบุรีขึ้นมาอีกครั้ง[12] บริเวณทุ่งกระทุ่มมืดไทรน้อยจึงกลับมาอยู่ในการปกครองของทางจังหวัดนนทบุรีจนถึงทุกวันนี้

ต่อมาทางราชการพิจารณาเห็นว่าอำเภอบางบัวทองมีพื้นที่กว้างขวางและมีจำนวนราษฎรเพิ่มขึ้น หน่วยงานราชการดูแลทุกข์สุขได้ไม่ทั่วถึง ประกอบกับคลองพระพิมลซึ่งเป็นเส้นทางคมนาคมหลักในสมัยนั้นยังเป็นคลองขนาดเล็ก ในฤดูแล้งน้ำจะแห้งขอดคลอง ราษฎรเดินทางมาติดต่อราชการไม่สะดวก[13] โดยเฉพาะราษฎรจากท้องที่ตำบลไทรน้อย ไทรใหญ่ ราษฎร์นิยม และหนองเพรางายที่ตั้งอยู่ไกลจากตัวอำเภอมากที่สุด กระทรวงมหาดไทยจึงแบ่งท้องที่ตำบลทั้งสี่ออกมาจัดตั้งเป็น กิ่งอำเภอไทรน้อย โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2491[14] เมื่อกิ่งอำเภอไทรน้อยมีประชากรหนาแน่นและมีความเจริญเพิ่มมากขึ้นจนมีสภาพเหมาะสมที่จะยกฐานะเป็นอำเภอได้ ในวันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2499 จึงมีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งกิ่งอำเภอไทรน้อยเป็น อำเภอไทรน้อย[15]

จากนั้นในปี พ.ศ. 2502 ทางอำเภอได้รับโอนเอาตำบลขุนศรีจากอำเภอบางเลน จังหวัดนครปฐม มาอยู่ในเขตการปกครองด้วย เพื่อความสะดวกในการติดต่อราชการของประชาชนและเพื่อประโยชน์ต่อการปกครอง[16] และต่อมาในปี พ.ศ. 2522 จังหวัดนนทบุรีได้แบ่งพื้นที่ทางทิศใต้ของตำบลราษฎร์นิยมจัดตั้งเป็นตำบลคลองขวาง[17] และในปี พ.ศ. 2523 ก็แบ่งพื้นที่ทางทิศใต้ของตำบลไทรน้อยจัดตั้งเป็นตำบลทวีวัฒนา[18] ทำให้อำเภอไทรน้อยมีเขตการปกครองย่อยรวม 7 ตำบลมาจนถึงปัจจุบัน