อิซิลดูร์เกิดเมื่อปีที่ 3209 ของยุคที่สอง เป็นบุตรคนโตของเอเลนดิล ผู้บุตรของอามันดิล เจ้านครอันดูนิเอ อันเป็นราชสกุลลำดับสองที่ใกล้ชิดวงศ์กษัตริย์นูเมนอร์มากที่สุด เขามีน้องชายหนึ่งคนชื่อว่า อนาริออน ยุคสมัยที่อิซิลดูร์เกิดมา เซารอนในร่างแปลงได้มีอิทธิพลมากในนูเมนอร์ และยุยงให้ อาร์-ฟาราโซน กษัตริย์ผู้ละโมบ คิดเหิมเกริมยกทัพไปตีวาลินอร์เพื่อช่วงชิงความเป็นอมตะ เวลานั้นนูเมนอร์ตัดขาดการติดต่อกับพวกเอลฟ์ คงเหลือแต่กลุ่ม 'ผู้ศรัทธา' ภายใต้ความคุ้มครองของเจ้านครอันดูนิเอเท่านั้น ที่ยังลักลอบติดต่อกับพวกเอลฟ์อย่างลับๆ

อาร์-ฟาราโซนถูกเซารอนยุยงให้โค่น นิมล็อธ พฤกษาขาว ที่นูเมนอร์ได้รับเป็นของขวัญจากพวกเอลฟ์ เมื่ออิซิลดูร์ทราบก็ลักลอบเข้าไปในอุทยานหลวง ขโมยเอาผลนิมล็อธมาได้ผลหนึ่ง (เวลานั้นเขายังเป็นเพียงวัยรุ่นหนุ่มน้อยเท่านั้น) ระหว่างหนีออกมาอิซิลดูร์ถูกทำร้ายได้รับบาดเจ็บสาหัส

เมื่อกลุ่ม 'ผู้ศรัทธา' เห็นว่า อาร์-ฟาราโซนจะยกทัพไปตีวาลินอร์แน่แล้ว อามันดิลสั่งให้บุตรหลานและบริวารลอยเรือคอยท่าอยู่ที่โรเมนนา ท่าเรือตะวันออก ส่วนตัวเขาเองเสี่ยงชีวิตเดินทางไปขออภัยโทษต่อปวงเทพอีกครั้ง ตามแบบอย่างเออาเรนดิล แม้จะไม่มีหวังว่าจะสำเร็จเลย อามันดิลสูญหายไปนับแต่นั้น

เอเลนดิล อิซิลดูร์ อนาริออน และบริวาร จึงหนีรอดจากการล่มเกาะนูเมนอร์มาได้ ทั้งหมดถูกคลื่นซัดมาขึ้นฝั่งทางใต้ของทวีปมิดเดิลเอิร์ธ และก่อตั้งอาณาจักรกอนดอร์ขึ้น ส่วนบิดาของพวกเขาคือเอเลนดิล ได้เดินทางขึ้นเหนือเพื่อไปหากิล-กาลัด สหายเก่า และตั้งอาณาจักรอาร์นอร์ขึ้นทางเหนือ

อิซิลดูร์กับอนาริออน ปกครองอาณาจักรกอนดอร์ร่วมกัน มีบัลลังก์คู่กันอยู่ในนครออสกิเลียธ ซึ่งเป็นเมืองหลวง นอกจากนี้ อิซิลดูร์สร้างเมืองส่วนตัวอยู่ที่ มินัสอิธิล (ต่อมาคือ มินัสมอร์กูล) ขณะที่อนาริออนสร้าง มินัสอะนอร์ (ต่อมาคือมินัสทิริธ) พฤกษาขาวนิมล็อธ ที่อิซิลดูร์ขโมยออกมาจากอุทยานแห่งนูเมนอร์ได้ทันก่อนต้นจะถูกโค่น ได้นำมาปลูกไว้ที่มินัสอิธิล

ในตอนปลายยุคที่สอง อิซิลดูร์ยกทัพเข้าร่วมกับทัพของเอเลนดิล และ กิลกาลัด ในสงครามแห่งพันธมิตรครั้งสุดท้าย ซึ่งเป็นสงครามที่ยาวนานถึง 7 ปี อนาริออนสิ้นชีพก่อนจะยึดหอคอยทมิฬได้ กิลกาลัดและเอเลนดิลก็สิ้นชีพด้วย ดาบนาร์ซิลของเอเลนดิลถูกเซารอนทำลายแตกเป็นเสี่ยงๆ แต่ด้วยเศษดาบนี้ อิซิลดูร์คว้าขึ้นตวัดตัดถูกนิ้วมือของเซารอน ทำให้แหวนเอกหลุดจากร่าง และอำนาจของเซารอนก็สูญสิ้นลงไป

การสิ้นพระชนม์

อิซิลดูร์จึงได้ครอบครองแหวนเอก และรู้สึกรุ่มร้อนทรมานทุกครั้งที่สัมผัส ขณะเดียวกันก็ไม่อาจตัดใจอยู่ห่างจากมันได้ เขารู้สึกว่านี่เป็นสิ่งไม่ถูกต้อง จึงคิดเดินทางไปขอคำปรึกษาจากเอลรอนด์ ที่ริเวนเดลล์ หลังจากจัดแจงแต่งตั้งโอรสของอนาริออนให้ปกครองอาณาจักรกอนดอร์แล้ว อิซิลดูร์กับโอรสอีกสามองค์ คือ เอเลนดัวร์ อาราทัน และเคียร์ยอน ก็ออกเดินทางขึ้นเหนือไปยังริเวนเดลล์

เมื่ออิซิลดูร์เดินทางไปถึงบริเวณทุ่งแกลดเดน ก็ถูกพวกออร์คที่ซุ่มอยู่แถบนั้นลอบโจมตี เนื่องจากสภาพของพวกเขาอยู่ในหุบเขา ทั้งยังอยู่ไกลจากอาณาจักรใกล้เคียงทั้งหลายไม่อาจขอความช่วยเหลือได้ โอรสทั้งสามของอิซิลดูร์ต่างยอมสู้ตาย เพื่อให้อิซิลดูร์นำแหวนหนีรอดไปหาเอลรอนด์ให้ได้ แต่ด้วยเคราะห์กรรมหรืออำนาจของแหวน ทำให้อิซิลดูร์ถูกออร์คซุ่มยิงด้วยธนูอาบยาพิษ ขณะที่กำลังจะข้ามพ้นแม่น้ำแกลดเดน ทำให้ร่างของพระองค์จมสู่ท้องน้ำ และแหวนเอกก็เลื่อนไหลหลุดจากนิ้วพระหัตถ์ หายสาบสูญจากความรับรู้ของผู้คนบนมิดเดิลเอิร์ธนับแต่นั้น

เรื่องราวการสิ้นพระชนม์ของอิซิลดูร์ ปรากฏละเอียดอยู่ในหนังสือ Unfinished Tales ตอน "เหตุวิบัติแห่งทุ่งแกลดเดน"