อินช็อนปรากฏในบันทึกประวัติศาสตร์ครั้งแรกในปี ค.ศ. 475 ในรัชสมัยของจักรพรรดิชังซูมหาราชแห่งจักรวรรดิโคกูรยอ โดยมีชื่อว่า "มีชูฮล" พื้นที่ในบริเวณนี้ถูกเปลี่ยนชื่อหลายชื่อตามอาณาจักรและราชวงศ์ ชื่ออินช็อนอย่างในปัจจุบันตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1413 ในรัชสมัยของพระเจ้าแทจงแห่งราชวงศ์โชซ็อน

ในวันที่ 15 กันยายน ค.ศ. 1950 ในระหว่างสงครามเกาหลี อินช็อนเป็นหนึ่งในสมรภูมิรบ เมื่อกองทัพสหรัฐอเมริกายกทัพขึ้นบกที่นี่เพื่อเข้ายับยั้งเหตุการตึงเครียด และปฏิบัติการผลักดันขึ้นเหนือร่วมกับกองกำลังสหประชาชาติ