อินโดนีเซียแอร์เอเชีย เริ่มมาจากสายการบิน Awair (Air Wagon International) ซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2542 โดยนายAbdurrahman Wahid, อดีตประธาน Nahdlatul Ulama Muslim organisation นายAbdurrahman Wahid มีหุ้นอยู่ในสายการบินถึง 40% และเริ่มดำเนินการเมื่อ 22 มิถุนายน 2543 ด้วยเครื่องบินแอร์บัส 300/310 แต่ทุกเที่ยวถูกระงับในปี 2545, สายการบินAwair ได้ตัดสินเข้าร่วมกับ แอร์เอเชีย ซึ่งเป็นสายการบินจากมาเลเซียในเดือธันวาคม ปี 2547 และเปลี่ยนชื่อเป็น อินโดนีเซียแอร์เอเชีย เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม 2548 เพื่อให้เป็นไปในทิศทางเดียวกันกับ สายการบิน แอร์เอเชีย

บริษัท CIMB หลักทรัพย์อินโดนีเซียและเครดิตสวิสหลักทรัพย์ประเทศอินโดนีเซีย ได้ร่วมเข้าถือหุ้นด้วย 20%[8]