เรื่องอิเหนามีมาตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี มีเรื่องเล่ากันว่าพระราชธิดาในสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศคือเจ้าฟ้าหญิงกุณฑลและเจ้าฟ้าหญิงมงกุฎ ทรงได้นางข้าหลวงมาจากปัตตานี นางข้าหลวงคนนี้ได้เล่านิทานปันหยีหรือเรืองอิเหนาของชวาถวาย เจ้าฟ้าหญิงกุณฑลทรงนำเค้าเรื่องมาแต่งเป็นบทละครเรื่องดาหลัง (อิเหนาใหญ่) ส่วนเจ้าฟ้ามงกุฎทรงแต่งเรื่องอิเหนา (อิเหนาเล็ก) ต่อมาในสมัยรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้ทรงพระราชนิพนธ์เรื่องอิเหนาเป็นบทละครสำหรับใช้แสดงละครรำ ในตอนท้ายของบทพระราชนิพนธ์ได้อ้างถึงเรื่องอิเหนาในสมัยอยุธยาว่านอกจากนี้ ยังมีบรรยายไว้ในปุณโณวาทคำฉันท์ ของพระมหานาค วัดท่าทราย ระบุถึงการนมัสการพระพุทธบาทสระบุรี ในสมัยพระเจ้าอยู่หัวในพระบรมโกศเช่นกัน โดยเล่าว่ามีงานมหรสพที่เล่นเรื่องอิเหนา ดังนี้เนื้อเรื่องตรงกับอิเหนาเล็ก ที่ว่าถึงตอนลักบุษบาไปไว้ในถ้ำ ซึ่งไม่ปรากฏในเรื่องอิเหนาใหญ่ เรื่องอิเหนา หรือที่เรียกกันว่านิทานปันหยีนั้น เป็นนิทานที่เล่าแพร่หลายกันมากในชวา เชื่อกันว่าเป็นนิยายอิงประวัติศาสตร์ของชวา ในสมัยพุทธศตวรรษที่ 16 ปรุงแต่งมาจากพงศาวดารชวา และมีด้วยกันหลายสำนวน พงศาวดารเรียกอิเหนาว่า “ ปันจี อินู กรัตปาตี” (Panji Inu Kartapati) แต่ในหมู่ชาวชวามักเรียกกันสั้นๆ ว่า “ปันหยี” (Panji) ส่วนเรื่องอิเหนาที่เป็นนิทานนั้น น่าจะแต่งขึ้นในราวพุทธศตวรรษที่ 20-21 หรือในยุคเสื่อมของราชวงศ์อิเหนาแห่งอาณาจักรมัชปาหิต และอิสลามเริ่มเข้ามาครอบครอง นิทานปันหยีของชวานั้น มีด้วยกันหลายฉบับ แต่ฉบับที่ตรงกับอิเหนาของเรานั้น คือ ฉบับมาลัต ใช้ภาษากวีของชวาโบราณ มาจากเกาะบาหลี