อี ซุน-ชินเกิดที่กรุงฮันยัง (ปัจจุบันคือโซล) ตระกูลของเขาคือตระกูลลีแห่ง Deoksu พ.ศ. 2095 ลีจอง พ่อของเขาถูกจับและลงโทษ จากข้อหาประกอบพิธีศพให้อาชญากรที่ตายไปแล้ว ครองครัวของเขาจึงย้ายไปที่อาซาน จังหวัดกองซางโต พระเจ้าซอนโจพระราชทานอภัยโทษให้ในปี พ.ศ. 2110

หนึ่งในเหตุการณ์ที่สำคัญในช่วงนี้คือการที่เข้าได้เป็นเพื่อนกับ ยู ซองรยง (유성룡) นักวิชาการผู้มีชื่อ ที่ได้เป็นมหาเสนาบดีของเกาหลีในช่วงการรุกรานเกาหลีของญี่ปุ่น (พ.ศ. 2135-2141) ซึ่งในช่วงสงครามนี้ การสนับสนุนของยู ซองลยอง มีความสำคัญมากๆต่อชัยชนะของอี ซุน-ชิน

ในวัยเด็ก เขาเล่นเกมสงครามกับเพื่อนๆ ซึ่งในการละเล่นนี้ เขาได้แสดงให้เห็นถึงความเป็นอัจฉริยะด้านความเป็นผู้นำทางทหาร (เช่นเดียวกับนโปเลียน) และเขายังประดิษฐ์ธนูและลูกศรเองตั้งแต่ยังเป็นวัยเด็ก

พ.ศ. 2119 อี ซุน-ชินเขาสอบคัดเลือกนายทหารประจำปี (무과; 武科) เขาได้แสดงความสามารถเชิงดาบและธนู ให้เป็นที่ประทับใจแก่คณะกรรมการตัดสิน แต่ตกในการสอบขี่ม้าเพราะตกม้าขาหัก หลังจากเข้าสอบใหม่และผ่าน เขาถูกส่งไปรบในตำบลทหารกองทัพภาคเหนือ ในจังหวัดฮัมยอง (ปัจจุบันเป็นจังหวัดหนึ่งของเกาหลีเหนือ) เขาเป็นนายทหารใหม่ที่อายุเยอะที่สุด (32 ปี) เขาได้รับหน้าที่เข้ารบต่อสู้กับพวกหนู่เจิน (ต่อมาคือพวกแมนจู) ที่เข้ามาปล้นสะดมตามแนวชายแดน อี ซุน-ชินได้รับการยอมรับอย่างรวดเร็วจากความเป็นผู้นำและเป็นผู้มีกลยุทธ์

พ.ศ. 2126 เขาวางแผนลวงพวกหนู่เจินให้ออกมารบ จนสามารถเอาชนะและจับหัวหน้าพวกหนู่เจิน มูไปไน ได้อย่างไรก็ตาม อี ซุน-ชินต้องพักราชการไปไว้ทุกข์ให้บิดาที่จากไปตามประเพณีอยู่ 3 ปี ก่อนจะกลับเข้ามารับราชการอีก

ความสามารถและความสำเร็จที่ยอดเยี่ยมของเขานั้น กลับเป็นการสร้างความอิจฉาริษยาให้แก่ผู้อื่นยิ่ง กล่าวหาว่าเขาหนีทัพระหว่างการรบ การใส่ร้ายนี้ นำโดยนายพล ลีอี ผู้ซึ่งต่อมาแพ้ให้กับกองทัพญี่ปุ่นในการรบที่ซางจู การใส่ร้ายป้ายสีเพื่อขัดแข้งขัดขาผู้อื่น กลายเป็นเรื่องปกติมากๆในกองทัพและรัฐบาลเกาหลีในปีถัดๆมา ในที่สุด อี ซุน-ชินก็ถูกจับจองจำและทรมาน หลังถูกปล่อย เขาถูกลดขั้นเป็นเพียงพลทหาร แต่เขาก็ไต่เต้าขึ้นมาใหม่ได้อีกอย่างรวดเร็ว จนได้เป็นผู้บัญชาการศูนย์ฝึกทหาร และถูกย้ายไปเป็นผู้พิภาคษาศาลทหารในจังหวัดเล็กๆแห่งหนึ่ง

ความพยายามของอี ซุน-ชินในภาคเหนือ ทำให้เขาได้เลื่อนตำแหน่งอย่างรวดเร็ว ในช่วงเดือนท้ายๆของปี พ.ศ. 2133 เขาได้รับการปรับเลื่อนตำแหน่งถึง 4 ครั้ง และในท้ายที่สุด เขาได้รับตำแหน่งผู้บัญชาการฝ่ายซ้ายแห่งจังหวัดทหารเรือจอนลา (전라좌도; 全羅左道) ในช่วงนี้เอง รัฐบาลโซซอนกำลังอยู่ในภาวะสับสน เนื่องจากความไม่แน่ชัดว่าญี่ปุ่น ภายใต้การนำของโทโยโทมิ ฮิเดโยชิ จะรุกรานเกาหลีหรือไม่ (ซึ่งผลคือ ญี่ปุ่นรุกรานเกาหลีจริงจริงในอีก 2 ปีให้หลัง) และ การเรืองอำนาจของนู่เอ๋อร์ฮาชื่อ ผู้นำหนุ่มแห่งหนู่เจิน (เขาคือผู้วางรากฐานให้อาณาจักรแมนจู ต่อมา ลูกหลานของเขา ก็สามารถบุกยึดประเทศจีน สถาปนาราชวงศ์ชิงได้) ด้วยเหตุนี้ จึงมีการโยกย้ายนายทหารผู้เปี่ยมประสบการณ์ ขึ้นไปประจำการยังจุดยุทธศาสตร์ ด้วยเหตุนี้ อี ซุน-ชินจึงถูกส่งไปประจำการที่ยอซู ในวันที่ 13 มีนาคม พ.ศ. 2133 และที่นี่เอง เขารับผิดชอบสร้างมณฑลทหารเรือขึ้นมา ซึ่งต่อมากลายเป็นกุญแจสำคัญในการต่อต้านกองทัพญี่ปุ่นในสงคราม 7 ปีหรือศึกอิมจิน (ชื่อที่ชาวเกาหลีเรียก การรุกรานเกาหลีของญี่ปุ่น (พ.ศ. 2135-2141)) เขาสร้างความแข็งแกร่งให้กองทัพเรือเกาหลีผ่านการปรับปรุงหลายครั้ง รวมไปถึงการสร้างเรือเต่า โคบุ๊คซอน ที่ถือได้ว่าเป็นเรือรบหุ้มเกราะเหล็กลำแรกของโลก