อียิปต์แอร์ถือหุ้นโดยรัฐบาล 100 เปอร์เซ็นต์ บริษัทอียิปต์แอร์ โอลดิ้ง ก่อตั้งขึ้นในปี 2545 และมีบริษัทในเครืออีก 9 บริษัท ดังต่อไปนี้

• มี 3 บริษัทที่อยู่ภายใต้การบริหารเดียวกันคือ
  • อียิปต์แอร์​
  • อียิปต์แอร์ คาร์โก้ ถูกก่อตั้งขึ้นในปี  2545
  • อียิปต์แอร์ เอ็กเพรส สารการบินภายในประเทศและในภูมิภาค ก่อตั้งในปี 2550
• บริษัทอื่นๆ ที่อยู่ภายใต้อียีปต์โฮลดิ้ง
  • อียิปต์แอร์ บำรุงรักษาและวิศวกรรม
  • อียิปต์แอร์ กราวด์เซอร์วิส
  • อียิปต์แอร์ อินไฟล์ทเซอร์วิส
  • อียิปต์แอร์ การท่องเทียวและร้านค้าปลอดภาษี
  • อียิปต์แอร์ ศูนย์บริการทางการแพทย์
  • อียิปต์แอร์ ส่งเสริมอุตสาหกรรม

อียิปต์แอร์ ยังถือหุ้นอยู่ในแอร์ซีไน (100 %) และแอร์ไคโร (40 %) อีกด้วย