นักบินที่สอง อาสึกะ และ และนักบินที่สี่ มารี ได้รับภารกิจในการนำอีวา-02 และ 08 ขึ้นสู่วงโคจรของโลก เพื่อทำการชิงกระสวยอวกาศที่ด้านในมี อีวา-01 กับ อิคาริ ชินจิที่อยู่ในภาวะจำศีลอยู่กลับคืนมา ระหว่างปฏิบัติการก็ถูกขัดขวางจาก อีวา มาร์ค-06 ติดตั้งระบบโดรนของเซเลอ การปะทะทำให้อีวา-01 ตื่นขึ้น และทำลายโดรนไปทั้งหมด จากนั้นทั้งสองจึงร่อนสู่พื้นโลก

ชินจิตื่นขึ้นมาบนเตียงเข็น ในสภาพที่ตัวเองถูกพันธนาการและมีเจ้าหน้าที่ควบคุมตัว เขาพบว่าตัวเองอยู่บนเรือเหาะขนาดใหญ่ชื่อว่า วุนเดอร์ ซึ่งใช้พลังงานจาก อีวา-01 และตัวเองก็หลับไป 14 ปี เพื่อป้องกันอีวา-01 จากการตื่น จึงต้องใส่ปลอกคอระเบิดตัวเองไว้กับชินจิ ทุกคนที่เขาเคยรู้จักทำตัวเย็นชาและห่างเหินกับเขา บัดนี้เธอเป็นผู้นำขององค์กร วิลเลอ มีเป้าหมายในการทำลายเนิร์ฟ ระหว่างนั้นเอง เรย์ ได้ขับอีวามาร์ค-09 ซึ่งเป็นภาชนะของอดัมมาช่วยชินจิ ชินจิเลือกที่จะหนีไปกับเรย์ ชินจิมาถึงกองบัญชาการชั้นในของเนิร์ฟที่ตอนนี้ลอยขึ้นไปอยู่บนฟ้า เก็นโดพ่อของเขาบอกว่าให้ชินจิเตรียมตัวขึ้นไปขับอีวา-13 คู่กับเด็กหนุ่มคนหนึ่ง ชินจิพยายามเข้าหาเรย์และพยายามชวนคุยถึงเรื่องที่ผ่านๆมาแต่ก็ไม่ได้รับการตอบสนอง ชินจิที่เหงาจึงได้รู้จักกับคาโอรุ เด็กคนที่เขาจะต้องขึ้นไปขับอีวาด้วย คาโอรุใจดีกับชินจิมาก นั่นเองทำให้ชินจิเปิดใจและสนิทกับคาโอรุมาก เลิกคิดเรื่องในอดีตไปชั่วขณะ อย่างไรก็ตาม ชินจิอดเก็บความสงใสไม่ได้จึงถามคาโอรุถึงสถานการณ์ในปัจจุบัน คาโอรุจึงพาชินจิไปเห็นสภาพของโลกภายนอก โลกสีแดงฉานที่เต็มไปด้วยซากปรักหักพังของบ้านเรือนและซากของอีวานับไม่ถ้วน ทั้งหมดเกิดขึ้นจาก 3rd impact เมื่อ 14 ปีก่อนซึ่งเกิดขึ้นระหว่างที่ชินจิติดอยู่ในอีวา-01 ภายหลังจากการเกิด Near 3rd impact ที่ชินจิเป็นคนก่อ ชินจิกลับมาอยู่ในสภาพซึมเศร้าอีกครั้ง อีกทั้ง รองผบ.เนิร์ฟ ศาสตราจารย์ฟุยูสึกิ ยังมาเล่าความจริงเกี่ยวกับแม่ และตัวตนของเรย์ให้ชินจิฟัง สภาพจิตใจของชินจิยิ่งเลวร้ายไปกว่าเดิม ชินจิกลับมาดีขึ้นหลังได้คาโอรุมาปลอบและให้ความหวังว่า หากลงไปดึงหอกลองกินุสและแคซิอุสที่ปักร่างลิลิธในเซ็นทรัลด็อกมามาได้ ก็จะเป็นการฟื้นฟูโลก

ชินจิและคาโอรุที่ขับอีวา-13 ลงไปยังเซ็นทรัลดอกมาพร้อมกับเรย์ที่ขับอีวามาร์ค-09 คอยคุ้มกัน ทั้งสองได้พบกับศพของลิลิธพร้อมอีวา มาร์ค-06 ที่แทงหอกทะรุร่างตนเองอยู่ แต่คาโอรุกลับพบว่า หอกสองเล่มที่ควรจะแตกต่างกันกลับมีสภาพเหมือนกัน ระหว่างนั้น อาสึกะและ มารีเข้ามาขัดขวาง คาโอรุรู้สึกไม่ดีจึงเอ่ยปากให้ชินจิล้มเลิกแผนการณ์ ชินจิไม่ยอมฟังกลับดึงหอกทั้งสองเล่มออก ร่างของลิลิธสลายไป อีวามาร์ค-06 กลายเป็นเทวทูตตนที่ 12 ระบบดัมมี่ของเซเลอเข้าควบคุมอีวามาร์ค-09 คาโอรุกลายเป็นเทวทูตตนที่ 13 จากนั้นเทวทูตตนที่ 12 สังเวยตัวเองแก่อีวา-13 ทำให้อีวา-13 วิวัฒนาการไปสู่ร่างพระเจ้า ประตูแห่งกัฟเปิดออกเพื่อชำระล้างโลก เป็นจุดเริ่มต้น 4th impact

ยานวุนเดอร์เข้าโจมตีอีวา-13 ในร่างวิวัฒนาการ แต่ก็โดนขัดขวางโดยอีวา มาร์ค-09 อาสึกะสามารถทำลายมาร์ค-09 ลงได้ ในขณะที่คาโอรุได้ปักหอกลองกินุสลงบนร่างอีวา-13 และยอมตายเพื่อปิดประตูแห่งกัฟ อย่างไรก็ตาม อีวา-13 ยังคงทำงานอยู่ทำให้ประตูแห่งกัพไม่ปิด มารีจึงเข้าไปช่วยชินจิออกมาจากอีวา-13 นั่นเองทำให้อีวา-13 หยุดทำงานและประตูแห่งกัฟปิดตัวลง ชินจิถูกอาสึกะพาออกมาจากเอ็นทรีปลั๊กในสภาพที่เหม่อลอย

รางวัลและการเข้าชิง