การเริ่มก่อตั้งศาสนจักรออร์ทอดอกซ์ในประเทศไทย เริ่มต้นเมื่อปี พ.ศ. 2542 เพื่อที่จะตอบสนองแก่ข้อเรียกร้องของเหล่าชาวออร์ทอดอกซ์ที่อาศัยอยู่ในประเทศไทย สภาบาทหลวงแห่งเขตอัครบิดรกรุงมอสโก ประเทศรัสเซีย ได้มีการประชุมหารือในวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2542 มีมติขอการดำเนินการจัดตั้งศาสนจักรขึ้นในกรุงเทพฯ โดยโบสถ์คริสตศาสนจักรออร์ทอดอกซ์แห่งนี้ได้ก่อตั้งขึ้น โดยใช้ชื่อว่า "อาสนวิหารแห่งนักบุญนิโคลัสผู้กระทำการอัศจรรย์" และได้มีการแต่งตั้งบาทหลวงจากยาโรสลาฟล์ คุณพ่อโอเลก เชเรปานิน (Oleg Cherepanin) เพื่อเป็นบาทหลวงประจำศาสนจักรแห่งใหม่นี้ ในปี พ.ศ. 2544 พระคุณเจ้าคิรีล อัครมุขนายกแห่งเมืองสโมเลนส์คและคาลินินกราด ประเทศรัสเซีย ซึ่งเป็นประธานบาทหลวงด้านความสัมพันธ์ระหว่างประเทศของรัสเซียได้เสด็จเยือนกรุงเทพมหานครอย่างเป็นทางการผลลัพธ์ในการเยือนครั้งนั้น โบสถ์แห่งนักบุญนิโคลัสฯ ได้ถูกเปลี่ยนแปลงเป็นตัวแทนของคริสตจักรรัสเซียออร์ทอดอกซ์ (ศาสนจักรแห่งกรุงมอสโกประจำประเทศไทย) และคุณพ่อโอเลก เชเรปานิน เป็นผู้แทนแห่งโบสถ์รัสเซียออร์ทอดอกซ์ในประเทศไทย เป็นผู้แนะแนวทางจิตวิญญาณ แก่หมู่ประชาชนชาวออร์ทอดอกซ์ในประเทศไทย ถึงในประเทศลาวและประเทศกัมพูชา เป็นเวลายาวนานกว่า 15 ปี ของการยืนหยัดการทำงานและการสวดอธิษฐานเพื่อที่จะเปลี่ยนให้ประชาชนชาวไทยหันมายอมรับในนิกายออร์ทอดอกซ์ โดยมีบาทหลวงดาเนียล ดนัย วรรณะ เป็นบาทหลวงออร์ทอดอกซ์ชาวไทยคนแรก โดยได้รับศีลบวชเป็นบาทหลวงเมื่อวันที่ 28 สิงหาคม พ.ศ. 2551[2]

ในวันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2551 ภายหลังกว่า 7 เดือน สำนักงานของกระทรวงมหาดไทยที่เกี่ยวข้องได้ตรวจสอบโบสถ์รัสเซียออร์ทอดอกซ์ในประเทศไทย และนั่นโบสถ์ออร์ทอดอกซ์ในประเทศไทยจึงได้รับการจดทะเบียนขึ้นเป็นองค์เกี่ยวกับการช่วยเหลือทางสังคมและศาสนาอย่างถูกต้องตามกฎหมาย[3]

ในวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2559 ในการประชุมสมัชชาศักดิ์สิทธิ์ (Holy Synod) ของศาสนจักรรัสเซียออร์ทอดอกซ์ได้มีมติพิเศษเกี่ยวกับการดูแลและอภิบาลเขตของศาสนจักรรัสเซียออร์ทอดอกซ์ในประเทศทางเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และเอเชียตะวันออก จัดขึ้นเพื่อเป็นส่วนหนึ่งของเจ้าคณะนักบวชในเขตแพริชที่ตั้งอยู่ในราชอาณาจักรไทย โดยคุณพ่อโอเลก เชเรปานิน ได้รับการแต่งตั้งจากเจ้าคณะให้เป็น "ผู้แทนพิเศษ" ของศาสนจักรออร์โธด็อกซ์รัสเซียในราชอาณาจักรไทย