แนวคิดของจุลชีพที่เป็นมิตร มาจากศาสตราจารย์ เทรูโอะ ฮิกะ (Teruo Higa) จากมหาวิทยาลัยริวกิว (University of the Ryukyus, โอกินาวา, ประเทศญี่ปุ่น) ในช่วงทศวรรษ 1980 ฮิกะได้รายงานถึงส่วนผสมที่ได้จากการจัดหมู่ของจุลชีพต่างๆ ที่มีความสามารถในการช่วยย่อยสลายอินทรีย์วัตถุโดยมีผลดีกับกระบวนการต่างๆ ของสิ่งมีชีวิต ฮิกะได้เสนอทฤษฎีหลักที่ใช้อธิบายผลของอีเอ็มไว้ว่า จุลชีพ 3 กลุ่มสามารถอยู่ร่วมกันได้โดย จุลชีพเชิงบวก (positive microorganisms) ทำหน้าที่สร้าง, จุลชีพเชิงลบ (negative microorganisms) ทำหน้าที่ย่อยสลาย, และจุลชีพฉวยโอกาส (opportunist microorganisms) ในตัวกลางชนิดต่างๆ (ไม่ว่าจะเป็นดิน น้ำ อากาศ หรือ ลำไส้มนุษย์) อัตราส่วนของจุลชีพเชิงบวกต่อจุลชีพเชิงลบนั้นสำคัญมากเพราะว่าจุลชีพฉวยโอกาสจะทำตามแนวโน้มไม่ว่าจะเป็นการสร้างหรือย่อยสลาย ดังนั้นฮิกะเชื่อว่า เป็นไปได้ที่จะสร้างผลกระทบด้านดีได้โดยการเพิ่มจุลชีพเชิงบวกเข้าไป