พระเจ้าอู่ทองทรงสถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นใน พ.ศ. 1893 และได้ถูกพม่าทำลายลงในพุทธศตวรรษที่ 23[4] แม้จะถูกทำลายลงก็ยังคงมีร่องรอยความยิ่งใหญ่และความเจริญรุ่งเรืองของเมืองดังที่ปรากฏมาจนถึงปัจจุบัน ต่อมาครั้งพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงสถาปนากรุงรัตนโกสินทร์ขึ้นเป็นราชธานี ได้มีการรื้ออิฐจากสถาปัตยกรรมในกรุงศรีอยุธยาเพื่อไปก่อสร้างกรุงเทพมหานคร ทำให้โบราณสถานต่าง ๆ ถูกทำลายและทิ้งร้างไป[5] ครั้นถึงสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดให้อนุรักษ์และฟื้นฟูโบราณสถานในกรุงศรีอยุธยาขึ้นอีกครั้ง

ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้พระยาโบราณราชธานินท์ ข้าหลวงมณฑลกรุงเก่าทำการขุดแต่งโบราณสถาน และปรับปรุงสภาพในพระราชวังโบราณ

เมื่อปี พ.ศ. 2478 กรมศิลปากรประกาศขึ้นทะเบียนโบราณสถานหลายแห่งในเกาะรอบเมืองพระนครศรีอยุธยาเป็นโบราณสถานสำคัญของชาติ รวม 69 แห่ง

ต่อมาในสมัยของ จอมพล ป. พิบูลสงคราม จึงได้เริ่มโครงการบูรณะพระที่นั่งและวัดต่าง ๆ โดยมีกรมศิลปากรเป็นผู้ดูแล

ปี พ.ศ. 2512 ได้มีโครงการชื่อ โครงการสำรวจขุดแต่งและบูรณะปรับปรุงโบราณสถาน โดยมีความพยายามที่จะประสานงานร่วมมือกับองค์กรต่าง ๆ ในอันที่จะอนุรักษ์เมืองประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยาไว้

ในที่สุด พ.ศ. 2519 ได้มีการปรับปรุงโครงสร้างของงานชิ้นใหม่ แล้วจัดทำโครงการอุทยานประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยาขึ้น และเริ่มทำการบูรณะปรับปรุงโบราณสถานเป็นต้นมาตั้งแต่ พ.ศ. 2520 และในการประชุมคณะกรรมการมรดกโลกสมัยสามัญครั้งที่ 15 ปี พ.ศ. 2534 ณ เมืองคาร์เธจ ประเทศตูนิเซีย นครประวัติศาสคร์พระนครศรีอยุธยา พร้อมด้วยเมืองประวัติศาสตร์สุโขทัยและเมืองบริวาร (อุทยานประวัติศาสตร์สุโขทัย ศรีสัชนาลัย และกำแพงเพชร) และเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าทุ่งใหญ่-ห้วยขาแข้ง ได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นแหล่งมรดกโลก