สภาพป่าของอุทยานแห่งชาติ ประกอบไปด้วยป่า 5 ชนิด คือ

• ป่าดิบเขา พบตามภูเขาที่มีความสูงจากระดับน้ำทะเลปานกลางตั้งแต่ 1,000 เมตร ขึ้นไป บริเวณตอนบนของพื้นที่และบริเวณเทือกเขาแบ่งเขตอำเภอสะเมิงกับอำเภอแม่แจ่ม พันธุ์ไม้ที่พบมากได้แก่ ก่อ สนสามใบ ทะโล้ ตุ้มเต๋น มะขามป้อม จำปี มะส้าน สารภีป่า นมนาง เป็นต้น

• ป่าดิบแล้ง พบทั่วไปบริเวณหุบเขาและริมลำห้วยในระดับความสูง 600-1,000 เมตร พันธุ์ไม้ที่ขึ้นอยู่ได้แก่ ยาง ตะเคียน มะม่วงป่า ลำไยป่า มะไฟ มะเดื่อ เป็นต้น

• ป่าสนเขา พบตามยอดเขาโดยทั่วไปที่ระดับความสูง 700-1,300 เมตร พันธุ์ไม้ที่ขึ้นอยู่ได้แก่ สนสองใบ สนสามใบ ก่อ รัก รัง เหียง เป็นต้น

• ป่าเบญจพรรณ พบทางทิศตะวันออกของพื้นที่ พันธุ์ไม้ที่ขึ้นได้แก่ สัก เติม สมอไทย เส้า แดง ประดู่ เสี้ยว มะแฟน ซ้อ เป็นต้น

• ป่าเต็งรัง พบมากโดยทั่วไปบริเวณภูเขาที่ไม่สูงมากนัก พันธุ์ไม้ที่ขึ้นอยู่ได้แก่ เต็ง รัง เหียง พลวง สนสองใบ มะกอก เส้า เสี้ยว เป็นต้น