ที่ทำการอุทยานแห่งชาติขุนแจ ตั้งอยู่ติดกับทางหลวงแผ่นดินสายเชียงใหม่-เชียงราย ห่างจากตัวเมืองเชียงใหม่ 62 กิโลเมตร การเดินทางไปยังอุทยานฯ สามารถเดินทางได้ 2 เส้นทาง คือ

1. จากตัวเมืองเชียงใหม่ เดินทางโดยรถบัสปรับอากาศหรือรถธรรมดาสาย เชียงใหม่-ดอยสะเก็ต-เชียงราย จากสถานีขนส่งจังหวัดเชียงใหม่แห่งที่ 2 (อาเขต) หรือนั่งรถสองแถวเล็กสีเหลืองสายเชียงใหม่-เวียงป่าเป้า-ท่ารถถนนไทยวงศ์
2. จากเชียงราย เดินทางโดยรถโดยสารประจำทาง และรถสองแถวเล็ก ซึ่งระยะทางห่างจากจังหวัดเชียงราย 129 กิโลเมตร

หากต้องการเช่ารถก็มีร้านเช่ารถที่ให้บริการทั้งในจังหวัดเชียงใหม่และจังหวัดเชียงราย