จังหวัดสตูลได้รับอิทธิพลเต็มที่จากลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ ซึ่งพัดมาจากมหาสมุทรอินเดีย ในเดือนพฤษภาคม-ตุลาคม ในระยะที่ลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้อ่อนกำลังลงก็จะมีลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือจากประเทศจีนพัดเข้ามาแทนที่ แต่เนื่องจากจังหวัดสตูลอยู่ทางด้านตะวันตกของฝั่งทะเล จึงไม่ค่อยได้รับอิทธิพลมากนักจากมรสุมนี้ อย่างไรก็ตามในระหว่างเดือนตุลาคมถึงเดือนพฤศจิกายน ก็ยังมีฝนตกชุกอยู่หลังจากนี้ไปฝนจะเริ่มน้อยลงตามลำดับ ในช่วงเดือนธันวาคมถึงเดือนมีนาคมเป็นช่วงที่มีอากาศแห้งแล้ง เนื่องจากลมมรสุมตะวันออกเฉียงใต้พัดเข้ามาแทนที่ ทำให้อุณหภูมิสูงขึ้นในระยะนี้ โดยมีปริมาณน้ำฝนเฉลี่ยทั้งปี 2,281 มิลลิเมตร ฝนจะตกมากที่สุดในเดือนกันยายน 378 มิลลิเมตร และตกน้อยที่สุดในเดือนมกราคม 7 มิลลิเมตร อุณหภูมิเฉลี่ยทั้งปี 28oC โดยอุณหภูมิสูงสุดในเดือนเมษายน 39oC และต่ำสุดในเดือนกุมภาพันธ์ 17oC ความชื้นสัมพัทธ์เฉลี่ยตลอดปี 79 % ความชื้นสัมพัทธ์สูงสุดเฉลี่ยจะเกิดในเดือนกันยายนและตุลาคมซึ่งสูงถึง 95% ส่วนความชื้นสัมพัทธ์ต่ำสุดเฉลี่ยจะเกิดขึ้นจะเกิดขึ้นในเดือนกุมภาพันธ์ ซึ่งมีเพียง 48%