น้ำตกทรายขาวเดิมชาวบ้านเรียกว่า “น้ำตกกระโถน “ มีต้นกำเนิดจากยอดเขาแม่นางจันทร์ บนทิวเขาสันกาลาคีรี เป็นน้ำตกที่ตกจากหน้าผาสูงประมาณ 30 เมตร ความยาวประมาณ 700 เมตรสองข้างลำธารมีต้นไม้ปกคลุมด้วยป่าดิบชื้นที่อุดมสมบรูณ์อันเป็นแหล่งกำเนิดของลำห้วยลำธารที่ไหลลงสู่แม่น้ำเทพามีเนื้อที 750 ไร่ หรือ 1.15 ตารางกิโลเมตร

จากการบอกเล่าของราษฏรที่อาศัยอยู่บริเวณนั้นได้เล่าว่า พระครูศรีรัตนากร (ท่านศรีแก้ว) เจ้าอาวาสวัดทรายขาวเป็นผู้ค้นพบน้ำตกแห่งนี้เมื่อประมาณปี พ.ศ. 2475 หลังจากนั้นท่านได้ขอความร่วมมือให้ราษฏรสละแรงงานในการก่อสร้างศาลา บันไดเหล็กและจัดทำถนนขึ้นไปยังน้ำตก เพื่อให้ประชาชนได้พักผ่อนและชมทิวทัศน์ความสวยงามของน้ำตกแห่งนี้

หลังจากนั้น ยังได้ปรับปรุงและทำถนนจากตลาดนาประดู่ไปยังน้ำตกทรายขาวเป็นถนนดิน เมื่อปี พ.ศ. 2479 ทำให้น้ำตกแห่งนี้มีชื่อเสียงจนถึงปัจจุบันและเป็นที่นิยมของนักท่องเที่ยวและประชาชนมากยิ่งขึ้น

อุทยานแห่งชาติน้ำตกทรายขาว ตั้งอยู่ในเขตพื้นที่รอยต่อ 3 จังหวัดภาคใต้ตอนล่าง คือ จังหวัดปัตตานี จังหวัดยะลา และจังหวัดสงขลา และอยู่ในเขตป่าสงวนแห่งชาติ 3 แห่ง คือ ป่าสงวนแห่งชาติป่าเขาใหญ่ จังหวัดปัตตานี ในเขตอำเภอโคกโพธิ์ จังหวัดปัตตานี ป่าสงวนแห่งชาติป่าเขาใหญ่ จังหวัดยะลา ในเขตอำเภอเมือง และอำเภอยะหา จังหวัดยะลา และอุทยานแห่งชาติเขาสันกาลาคีรี ในเขตอำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา มีเนื้อที่จากการสำรวจครั้งแรกประมาณ 110 ตารางกิโลเมตร หรือ 68,756 ไร่ เป็นอุทยานแห่งชาติเตรียมการประกาศจัดตั้งโดยได้ผ่านความเห็นชอบจากคณะรัฐมนตรีและเลขาธิการรัฐมนตรีแจ้งให้พิมพ์แผนที่ท้ายพระราชกฤษฎีกา เพื่อจะนำขึ้นทูลเกล้าฯ ลงพระปรมาภิไธยในเดือนมกราคม พ.ศ. 2541

ได้มีกลุ่มราษฎรในท้องที่ ตำบลลำพะยา อำเภอเมืองยะลา จังหวัดยะลา ชุมนุมคัดค้านการประกาศจัดตั้งอุทยานแห่งชาติน้ำตกทรายขาว เนื่องจากพื้นที่เตรียมการดั้งกล่าวบางส่วนทับซ้อนพื้นที่ทำกินของราษฎรและได้ทำการสำรวจรังวัดแนวเขตปรับปรุงใหม่โดยส่วนวิศวกรรมป่าไม้ กรมป่าไม้แล้ว ขณะนี้ข้อมูลดังกล่าวได้จัดส่งให้สำนักอุทยานแห่งชาติ กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช เมื่อเดือนมกราคม 2546 เพื่อพิจารณาดำเนินการต่อไปแล้ว