ฤดูกาลของอุทยานแห่งชาติภูเก้า-ภูพานคำ แบ่งออกเป็น 3 ฤดู คือ

ฤดูร้อน ระหว่างเดือนมีนาคม - เดือนพฤษภาคม อุณหภูมิเฉลี่ยจะร้อนจัดในเดือนเมษายน

ฤดูฝน ระหว่างเดือนมิถุนายน - เดือนตุลาคม ปริมาณน้ำฝนจะตกมากที่สุดในเดือนกันยายน

ฤดูหนาว ระหว่างเดือนพฤศจิกายน - เดือนกุมภาพันธ์ อุณหภูมิเฉลี่ยต่ำสุดในเดือนมกราคม ซึ่งได้รับอิธิพลจากร่องความกดอากาศสูงทางตอนใต้ของประเทศจีน