ในพื้นที่อุทยานแห่งชาติลำน้ำกก สามารถจำแนกสังคมพืชออกได้เป็น 4 ประเภท ได้แก่

ป่าดิบเขา พบที่ระดับความสูงจากน้ำทะเล 800 เมตร ขึ้นไป ในบริเวณยอดดอยช้าง วนอุทยานน้ำตกขุนกรณ์ พันธุ์ไม้และพืชพื้นล่าง ได้แก่ ก่อก้างด้าง ก่อพวง ก่อเดือย ก่อสีเสียด พญาไม้ ขุนไม้ มะขามป้อมดง เมื่อย จันทร์ทอง จำปีป่า เมี่ยงดอย กุหลาบขาว คำแดง ก่วมแดง โคลงเคลงขน จุกนารี กำลังช้างสาร กุหลาบหิน ข่าคม กระเจียวขาว เฟิน ฯลฯ ป่าดิบแล้ง พบได้ในระดับความสูง 300 - 600 เมตร จากระดับน้ำทะเล ในบริเวณที่เป็นหุบเขาและริมห้วย พันธุ์ไม้และพืชพื้นล่าง ได้แก่ ยางแดง กระบาก ตะเคียนหิน เคี่ยมคะนอง คอแลน กระเบากลัก พลับพลาข่อยหนาม กระดูกค่าง ชมพู่ป่า หวายขม เครืองูเห่า ปัดแดง กล้วยดงดำ เฟิน ผักเบี้ยดิน หญ้ากาบไผ่ ลดาวัลย์ และเถายั้งดง เป็นต้น ป่าเบญจพรรณ พบขึ้นปกคลุมพื้นที่มากที่สุด ในระดับความสูง 50 - 800 เมตร จากระดับน้ำทะเล พันธุ์ไม้และพืชพื้นล่าง ได้แก่ สัก กระพี้เขาควาย รกฟ้า ตะแบกเลือด ซ้อ สมอไทย ขะเจ๊าะ เปล้าหลวง มะกอกป่า ไผ่ซางนวล ไผ่ป่า ไผ่ไร่ ไผ่รวก กระชาย กลอย ขมิ้น ฯลฯ ป่าเต็งรัง พบกระจายอยู่ทั่วไปในพื้นที่ตั้งแต่ระดับความสูงจากน้ำทะเล 400 - 600 เมตร ขึ้นไป พันธุ์ไม้และพืชพื้นล่าง ได้แก่ เต็ง รัง พลวง เหียง กราด แสลงใจ มะขามป้อม ไผ่เพ็ก โจด ฯลฯ

สัตว์ป่าที่สำรวจพบในพื้นที่อุทยานแห่งชาติลำน้ำกกมีเหลืออยู่น้อยมาก เท่าที่สำรวจพบ ได้แก่ เก้ง หมูป่า อีเห็น เม่นหางพวง ลิ่นกระต่ายป่า กระรอกท้องแดง กระแตธรรมดา กระจ้อน หนูท้องขาว นกตะขาบทุ่ง นกกางเขนบ้าน นกกระปุดใหญ่ นกขมิ้นน้อยธรรมดา นกแซงแซวหางปลา นกปรอดสวน เหยี่ยวนกเขา นกเขาใหญ่ ตะกวด กิ้งก่าหัวสีแดง งูเขียวหางไหม้ งูสิง งูสามเหลี่ยม งูเห่า กบ เขียด คางคกบ้าน และปาด เป็นต้น