จากการบินสำรวจป่าในจังหวัดสงขลาเมื่อ พ.ศ. 2538 พบว่าพื้นที่ป่าเทือกเขาสันกาลาคีรีและป่าบริวารเป็นผืนป่าที่อุดมสมบูรณ์และเป็นป่าต้นน้ำของแม่น้ำเทพา ประกอบกับชาวบ้านในบ้านไร่เหนือและสภาตำบลบาโหยได้เสนอให้จัดตั้งป่าผืนนี้ให้เป็นอุทยานแห่งชาติ กรมป่าไม้จึงได้ให้บุคลากรไปปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าอุทยานแห่งชาติสันกาลาคีรี เพื่อดำเนินการสำรวจพื้นที่ดังกล่าวให้เป็นอุทยานแห่งชาติต่อไป ต่อมาใน พ.ศ. 2544 อุทยานแห่งชาติสันกาลาคีรีได้รับการรายงานว่ามีความเหมาะสมที่จะจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ และได้รับความเห็นชอบจากองค์การบริหารส่วนตำบลต่าง ๆ และคณะอนุกรรมการป้องกันและปราบปรามการลักลอบทำลายทรัพยากรป่าไม้ประจำจังหวัดสงขลา[1]