พื้นที่บริเวณโดยรอบของเกาะหนึ่ง สอง และสาม หรือ เกาะหูยง เกาะปายัง และเกาะปาหยันได้ถูกสงวนให้เป็นพื้นที่วางไข่ของเต่าทะเล และห้ามไม่ให้นักท่องเที่ยวขึ้นเกาะโดยเด็ดขาด นอกจากนี้แล้วในปี พ.ศ. 2543 ทางกรมป่าไม้ในขณะนั้นได้สั่งปิดกองหินแฟนตาซ ซึ่งเป็นกองหินที่เคยสวยงามติดอันดับหนึ่งในสิบของโลกลง เนื่องจากสภาพของกองหินที่ทรุดโทรมลงอย่างมาก จากปัญหาจำนวนนักท่องเที่ยวที่มากเกินไป

นอกจากนี้ปัญหาที่สำคัญของหมู่เกาะสิมิลันอีกประการหนึ่ง คือ ปัญหาการลักลอบจับปลาอย่างผิดกฎหมายจากจากชาวประมงในพื้นที่ โดยเฉพาะบริเวณเกาะบอน และเกาะตาชัยที่พบปัญหาการระเบิดปลาอยู่อย่างต่อเนื่อง โดยสาเหตุหลักของปัญหานี้ คือ ความห่างไกลของเกาะทั้งสองทำให้การดูแลไม่ทั่วถึง

ในปี พ.ศ. 2550 ทางกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช ได้ประกาศจำกัดจำนวนนักท่องเที่ยวที่จะมาท่องเที่ยวในอุทยานแห่งชาติหลายแห่งรวมทั้งหมู่เกาะสิมิลัน