สังคมพืช

สามารถจำแนกออกได้เป็น

• ป่าดงดิบ ครอบคลุมพื้นที่ชายฝั่งตอนในบริเวณเขาน้ำราบ บ่อน้ำร้อน ทิศตะวันออกของหาดทรายเป็นส่วนใหญ่ รวมทั้งบนเกาะมุกต์ พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ ยางวาด ตะเคียนหิน ตะเคียนทอง ตำเสา หลุมพอ คอแลน ฯลฯ พืชพื้นล่างเป็นพวกหวายและเถาวัลย์
• ป่าเขาหินปูน พบด้านทิศตะวันตกของเกาะมุกต์ เกาะเชือก เกาะแหวน เกาะปลิง เขาแบนะ เขาหยงหลิง เขาเมง และเขาเจ้าไหม ประกอบด้วยพืชพรรณเฉพาะพื้นที่ เช่น จันทน์ผา เป้ง สลัดได ยอป่า เตยเขา ปรงเขา กล้วยไม้ชนิดต่างๆ และบอน เป็นต้น
• ป่าชายหาด ขึ้นอยู่เป็นบริเวณแคบๆ ตามชายหาดและโขดหินที่น้ำทะเลท่วมไม่ถึง พันธุ์ไม้ที่สำคัญ เช่น หูกวาง สนทะเล กระทิง เม่า พื้นที่ราบต่อจากชายหาดเป็นป่าโปร่งประกอบด้วยไม้แคระแกร็น พันธุ์ไม้สำคัญได้แก่ เคี่ยม นนทรี เสม็ดแดง ยอป่า หนามแท่ง ช้องแมว พืชชั้นล่างเป็นพวกหญ้าชนิดต่างๆ
• ป่าชายเลน พบในพื้นที่ถัดจากชายหาดเข้ามาในบริเวณหลังที่ทำการอุทยานแห่งชาติตลอดแนวจากหาดปากเมงถึงหาดเจ้าไหม และมีการกระจายอยู่ตามอ่าวของเกาะมุกต์ พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ โกงกางใบเล็ก โกงกางใบใหญ่ โปรง ตะบูน ตะบัน ถั่ว ตาตุ่มทะเล เป้งทะเล เหงือกปลาหมอ จาก และหวายลิง เป็นต้น สังคมพืชน้ำ ได้แก่ หญ้าทะเล และสาหร่ายทะเล ซึ่งอุทยานแห่งชาติหาดเจ้าไหมเป็นแหล่งหญ้าทะเลขนาดใหญ่ครอบคลุมพื้นที่ 3,975 ไร่ ระหว่างแหลมหยงหลิงและเกาะมุกต์ จากการสำรวจพบหญ้าทะเลขึ้นอยู่ 8 ชนิด ได้แก่ หญ้าเต่า หญ้าชะเงาใบยาว หญ้าชะเงาใบสั้นสีน้ำตาล หญ้าชะเงาใบสั้นสีเขียว หญ้าชะเงาใบสั้นปล้องยาว หญ้าใบสน หญ้าผมนาง และหญ้าใบมะกรูด

สัตว์

จำแนกออกได้เป็น

• สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม พบรวม 51 ชนิด ได้แก่ พะยูน เลียงผา ค่างดำ ค้างแว่นถิ่นใต้ เก้ง กระจงเล็ก เสือไฟ แมวดาว นากเล็กเล็บสั้น ชะมดแผงหางดำ กระเล็นขนหางปลายหูสั้น หนูฟานสีเหลือง และค้างคาวชนิดต่างๆ ฯลฯ
• นก พบรวม 137 ชนิด ได้แก่ นกกระสาคอดำ นกตะกรุม นกยางจีน นกทะเลขาเขียวลายจุด นกนางนวลแกลบพันธุ์จีน นกกก นกแต้วแล้ว และ นกแซงแซวหางบ่วงใหญ่ ฯลฯ
• สัตว์เลื้อยคลาน พบ 29 ชนิด ได้แก่ เต่าบึงหัวเหลือง จิ้งจกหางเรียบ ตุ๊กแกหางเรียบ กิ้งก่าสวน แย้จุด เหี้ย จิ้งจกเรียวท้องเหลือง งูเหลือม งูไซ และงูพังกา เป็นต้น
• สัตว์สะเทินน้ำสะเทินบก พบ 9 ชนิด ได้แก่ จงโคร่ง คางคกบ้าน กบอ่อง ปาดบ้าน อึ่งอ่างบ้าน เป็นต้น
• สัตว์น้ำ อุทยานแห่งชาติหาดเจ้าไหมเป็นแหล่งระบบนิเวศที่สำคัญทั้งระบบนิเวศป่าชายเลน หญ้าทะเล และแนวปะการัง จึงเป็นแหล่งที่อยู่อาศัย อาหาร หลบภัย และอนุบาลตัวอ่อนของสัตว์น้ำนานาชนิด เช่น ปูแสม ปูม้า หอยนางรม หอยตะเภา หอยชักตีน ปลาเก๋า ปลาผีเสื้อ และปลาโลมา เป็นต้น