สภาพภูมิอากาศได้รับอิทธิพลจากลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ และลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ จึงทำให้ฝนตกชุก พื้นที่ป่าอุทยานแห่งชาติเขาน้ำค้าง เป็นป่าผืนใหญ่ติดต่อกันและที่สำคัญตั้งอยู่ในเขตโซนร้อน ลักษณะลมฟ้าอากาศทั่วไปจึงเป็นแบบมรสุมเมืองร้อนและได้รับมรสุมทั้งปี โดยได้รับอิทธิพลจากลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือและลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ จึงทำให้มีฝนตกชุกและมีลักษณะลมฟ้าอากาศคล้ายคลึงกันเกือบตลอดปี ซึ่งมีฤดูฝนอันยาวนานและฝนตกกระจายตลอดทั้งปี ฤดูฝนอยู่ในระหว่างเดือนพฤษภาคม – มกราคม และฤดูร้อน ระหว่างเดือน กุมภาพันธ์ - เมษายน