สภาพป่าของป่าสงวนแห่งชาติขุนซ่อง เป็นป่าที่เคยผ่านการสัมปทานทำไม้มาแล้ว ซึ่งจากการสำรวจพบชนิดป่าทั้งหมด 3 ชนิด ได้แก่

1. ป่าดิบชื้น พบบริเวณที่ลุ่มหุบเขาและเชิงเขา เป็นป่าที่มีความสำคัญทางด้านเศรษฐกิจและนิเวศวิทยา เนื่องจากมีพรรณไม้ที่เป็นพืชเศรษฐกิจหลายชนิด พืชพื้นล่างได้แก่ ระกำ หวายสกุลต่างๆ และเร่ว

2. ป่าดิบแล้ง ในพื้นที่จะมีป่าดิบแล้งปริมาณน้อยกว่าป่าดิบชื้น พบบริเวณเชิงเขา โครงสร้างของสังคมพืช แบ่งได้เป็น 4 ชั้นคือ ไม้ชั้นบน ไม้ชั้นกลาง ไม้ชั้นล่าง และไม้พื้นล่าง

3. ป่าเต็งรัง เป็นสังคมพืชที่พบน้อยมาก พันธุ์ไม้เด่น ได้แก่ กราด กระโดน ส้าน เต็ง พะยอม รัง และแสลงใจ เป็นต้น พืชพื้นล่าง ได้แก่ หญ้าคา กระเจียว หญ้าคมบาง และหญ้าขจรจบ