จากการที่การไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทย ได้มีโครงการสร้างเขื่อนแก่งกรุง บริเวณที่ดินป่าท่าชนะ อันจะก่อให้เกิดปัญหาบุกรุกพื้นที่รอบอ่างเก็บน้ำ และกรมป่าไม้ได้มีคำสั่งที่ 1169/2532 ลงวันที่ 31 กรกฎาคม 2532 ให้ นายเดชาวุธ เศรษฐพรรค์ นักวิชาการป่าไม้ 5 ไปสำรวจพื้นที่เพื่อเก็บข้อมูลเบื้องต้น บริเวณพื้นที่อ่างเก็บน้ำแก่งกรุง และพื้นที่ป่าในเขตป่าสงวนแห่งชาติท่าชนะ และป่าเตรียมการสงวนคลองสก-คลองแสง-คลองยัน ในท้องที่จังหวัดสุราษฎร์ธานี ปรากฏว่าบริเวณดังกล่าว เป็นป่าดิบชื้นที่อุดมสมบูรณ์มากประกอบด้วยพันธุ์ไม้มีค่าหลายชนิดอย่างหนาแน่น มีสัตว์ป่าชุกชุม และนกนานาชนิด นอกจากนี้ยังมีจุดเด่นทางธรรมชาติที่สวยงามและสำคัญยิ่ง คือ ป่าส่วนนี้เป็นแหล่งต้นน้ำลำธารที่หล่อเลี้ยงชาวจังหวัดสุราษฎร์ธานี และจังหวัดชุมพร ต่อมากรมป่าไม้ได้มีคำสั่งที่ 892/2532 ลงวันที่ 24 พฤศจิกายน 2532 ให้ นายเดชาวุธ เศรษฐพรรค์ ไปดำเนินการสำรวจข้อมูลเพิ่มเติม และจัดตั้งพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติป่าท่าชนะ และป่าเตรียมการสงวนคลองสก-คลองแสง-คลองยัน ท้องที่จังหวัดสุราษฎร์ธานี ให้เป็นอุทยานแห่งชาติ

กองอุทยานแห่งชาติได้รับรายงานจาก นายเดชาวุธ เศรษฐพรรค์ ตามหนังสือ ที่ กษ 0713/พิเศษ ลงวันที่ 26 ธันวาคม 2532 เห็นสมควรใช้ชื่ออุทยานแห่งนี้ว่า "อุทยานแห่งชาติคลองยัน" เนื่องจากเป็นคลองสำคัญและเป็นจุดเด่นในพื้นที่ แต่กองอุทยานแห่งชาติได้พิจารณาเห็นว่า เนื่องจากพื้นที่ดังกล่าวรัฐบาลมีโครงการสร้างเขื่อนแก่งกรุง ประกอบกับชื่อแก่งกรุง เป็นที่รู้จักกันแพร่หลาย จึงเห็นสมควรใช้ชื่ออุทยานแห่งนี้ว่า "อุทยานแห่งชาติแก่งกรุง"

กรมป่าไม้จึงได้เสนอคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ ครั้งที่ 1/2533 เห็นสมควรให้ดำเนินการตราพระราชกฤษฎีกากำหนดพื้นที่ป่าท่าชนะ ในท้องที่ตำบลคันธุลี ตำบลคลองพา ตำบลสมอทอง ตำบลประสงค์ อำเภอท่าชนะ ตำบลปากหมาก อำเภอไชยา ตำบลปากฉลุย และตำบลตะกุกเหนือ อำเภอคีรีรัฐนิคม จังหวัดสุราษฎร์ธานี ให้เป็นอุทยานแห่งชาติ เมื่อวันที่ 4 ธันวาคม 2534 ได้ลงประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 108 ตอนที่ 211 เป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 69 ของประเทศ