Ubuntu มีการรับรองระบบเพื่ออยู่ในสมาคม Third party software Ubuntu ได้รับรองการเป็นเจ้าของซอฟต์แวร์ที่ทำงานได้ใน Ubuntu อย่างไรก็ตามหลายโปรแกรมที่ผู้ใช้คุ้นเคยของระบบปฏิบัติการที่ไม่ฟรี เช่น Microsoft Windows นั้นเข้ากันไม่ได้และไม่ได้ถูกรับรองจาก Ubuntu แต่ซอฟต์แวร์ที่มีลิขสิทธิ์บางตัวนั้นไม่ได้กำหนดในเรื่องการแจกจ่ายก็ได้มีการรวมเข้าไปเป็นส่วนหนึ่งของ Ubuntu เช่นกัน

ซอฟต์แวร์บางตัวที่ไม่ได้รวมอยู่ด้วยใน Ubuntu :

• ซอฟต์แวร์ที่เปิดการทำงาน region-locked และวิดีโอ DVDs, ทั้งสองน่าจะได้รับอนุญาตให้ใช้งาน จึงใช้ library ถอดรหัส DVD ของ Libdvdcss ซึ่งเป็น open-source ซึ่งเป็นประโยชน์มากสำหรับ Ubuntu และ Medibuntu
• ปลั๊กอินของเว็บเบราว์เซอร์บางตัวก็มีเจ้าของลิขสิทธิ์ อย่างเช่น Adobe's (เดิมทีคือ Macromedia's) Shockwave (ที่ไม่ใช่เวอร์ชันของ Linux) และ Flash