อ่าวกวานาบาราถูกค้นพบเมื่อวันที่ 1 มกราคม ค.ศ. 1502 โดย Gaspar de Lemos นักสำรวจชาวโปรตุเกส จึงตั้งชื่อว่า "แม่น้ำแห่งเดือนมกราคม" (Rio de Janeiro) โดยเข้าใจผิดว่าเป็นแม่น้ำขนาดใหญ่ที่ไหลลงสู่ทะเล หลังจากการค้นพบก็ไม่มีชาวยุโรปมาตั้งถิ่นฐานอยู่บริเวณนี้ จนกระทั่งในปี ค.ศ. 1955 ทหารฝรั่งเศสในบังคับบัญชาของนายพล Nicolas Durand de Villegaignon เข้ามาตั้งอาณานิคมเฟรนช์แอนตาร์กติกที่บริเวณเกาะลาเจส และย้ายไปอยู่ที่เกาะเซอร์ลิไจซ์ ใกล้ชายฝั่ง และก่อสร้างป้อมปืนชื่อ Fort Coligny ต่อมาทหารฝรั่งเศสถูกทหารโปรตุเกสขับไล่ออกไปในปี ค.ศ. 1963 ทหารโปรตุเกสได้สร้างป้อมปืนหลายแห่งที่ Santa Cruz, São João, Lajes และ Villegaignon