ฮัมบวร์คเป็นจุดใต้สุดของคาบสมุทรจัตแลนด์ทวีปยุโรป ระหว่างตอนใต้และตอนกลางของแถบสแกนดิเนเวีย อยู่ทางทิศตะวันตกของทะเลเหนือ และทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของทะเลบอลติก ที่ซึ่งแม่น้ำเอ็ลเบอ(Elbe)มาบรรจบกับแม่น้ำอัลส์เทอร์(Alster)และแม่น้ำบิลเลอ(Bille) ใจกลางเมืองเป็นมีแม่น้ำสายย่อยบินเนินอัลส์เทอร์(Binnenalster) และเอาส์เซินอัลส์เทอร์ (Außenalster) แม่น้ำย่อยทั้งสองสายนี้เกิดจากการสร้างเขื่อนขวางแม่น้ำอัลส์เทอร์สายหลักเพื่อสร้างทะเลสาบ