แฮลซีย์เกิดและเติบโตที่รัฐนิวเจอร์ซีย์ เธอมีเชื้อทั้งอิตาเลียน ฮังกาเรียน และไอริชมาจากฝั่งแม่ และแอฟริกัน-อเมริกัน มาจากฝั่งพ่อ แฮลซีย์มีน้องชายอยู่สองคนชื่อ เซเวียนและดันเต้ เมื่อโตขึ้นแฮลซีย์ได้เริ่มเล่นไวโอลิน วิโอลา และเชลโล จนกระทั่งเปลี่ยนมาเล่นกีต้าร์อะคูสติกเมื่อเธอมีอายุครบ 14 ปี และหนึ่งในสัมภาษณ์ของเธอกล่าวว่า เธอถูกพินิจฉัยว่าเป็นโรคอารมณ์สองขั้วหรือที่รู้จักกันว่าไบโพลาร์ (bipolar disorder) เมื่ออายุราว ๆ 16 หรือ 17 ปี และเมื่อเธอมีอายุครบ 18 ปี แฮลซีย์ประสบปัญหาทางการเงินและดนตรีเป็นทางเดียวเท่านั้นที่จะช่วยเธอให้พ้นได้ เธอจัดการแสดงอคูสติกมากมายตามเมืองต่าง ๆ ตามกันไป เธอเลือกใช้ชื่อแฮลซีย์เป็นชื่อเล่นเพราะเป็นการสลับตัวอักษรจากชื่อจริงของเธอ อีกทั้งยังเป็นชื่อถนนในเมืองบรุกลินที่ที่เธอใช้ชีวิตวัยรุ่นส่วนมากของเธอที่นั่น แต่เดิมแฮลซีย์เลือกที่จะเรียนที่โรงเรียนดีไซน์โรดไอแลนด์และเลือกศิลปกรรมเป็นวิชาเอก แต่เมื่อตระหนักได้ว่าเธอไม่มีทรัพย์พอที่จะเรียนต่อได้ เธอเลยเลือกที่จะสมัครชุมนุมวิเคราะห์เชิงสร้างสรรค์ของวิทยาลัยแทน

หนึ่งในบทสัมภาษณ์กล่าวว่า แฮลซียใช้คำว่า "tri-bi" (biracial, bisexual, and bipolar) เพื่อที่จะบ่งบอกถึงตัวเธอเอง