Black Mesa (สถาบันวิจัยแบล็คเมซา) ศูนย์วิจัยลับของรัฐบาลในนิวเม็กซิโก กำลังทำการวิจัยเครื่อง Teleportation อยู่ มี Dr. Wallace Breen ผู้อำนวยการสถาบันวิจัยนี้อยู่ จนกระทั่ง Dr. Gordon Freeman ได้มาเป็นผู้ช่วยของแผนก Anomalous Materials ตามคำเชื้อเชิญของ Dr.Issac Kleiner เพราะว่า Dr. Gordon Freeman มีความสนใจเครื่อง Quantum Teleportation เป็นอันมาก จนกระทั่งวันหนึ่งเขาได้ทำงานกับเครื่อง Quantum Teleportation โดยมีหน้าที่ให้เข็นวัตถุหนึ่งที่คล้ายกับหินเรืองแสงในมิติ Xen Dr. Gordon Freeman ได้เข็นมันเข้าไป ทันใดนั้นได้เกิดการระเบิดอย่างรุนแรง

ถึงแม้ว่า Gordon จะรอดจากการระเบิด ต่างจากคนอื่นๆ ที่เสียชีวิต แต่ทว่าเอเลี่ยนจากมิติ Xen ได้เข้ามาใน Black Mesa เขาต้องต่อสู้กับพวกเอเลี่ยน แต่ว่า Gordon ได้ถูก G-Man จับให้สลบและเข้าไปในห้องมิติเวลาและยื่นข้อเสนอให้เขาคือ จะทำงานให้เขา หรือให้เอเลี่ยนรุมฆ่า ซึ่ง Gordon ได้ยอมทำงานให้ G-Man รัฐบาลรู้ข่าวเรื่องการระเบิดของ Black Mesa และกลัวว่าจะเกิดเป็นข่าวใหญ่จึงส่งทหารที่มี Adrian Shepard เข้ามา (ภาค Opposing Force) เพื่อฆ่า Gordon Freeman ซึงเกือบจะสำเร็จแต่ก็ถูก G-Man จับขังในห่วงมิติแต่สามารถหนีออกมาได้ ส่วน Barney Calhoun (ภาค Blue shift) ซึ่งเป็น รปภ. ใน สถาบันวิจัยแบล็คเมซา ก็พยายามหาทางออกจึงรวมมือกับ Dr. Rosenberg จนสามารถเทเลพอร์ตหนีออกมาได้สำเร็จ