ฮิวงะ เนจิเข้าร่วมสอบจูนินพร้อมเพื่อนร่วมทีม ร็อค ลี และ เท็นเท็น โดยเนจิได้ชื่อว่าเป็นนินจาที่เก่งที่สุด(รูกี้)ในรุ่นนั้น ในรอบการต่อสู้การเข้าสู่รอบสุดท้าย เนจิได้ต่อสู้กับลูกพี่ลูกน้องของตัวเอง ฮิวงะ ฮินาตะ และแสดงความสามารถของตัวเองออกมาทั้งหมดจนฮินาตะปางตาย แล้วนารุโตะสัญญาว่าจะโค่นเนจิให้ได้ และในรอบสุดท้าย เนจิได้ถูกจับคู่ให้สู้กับอุซึมากิ นารูโตะ โดยทั้งคู่ต่อสู้กันอย่างดุเดือด โดยนารูโตะได้ใช้พลังจักระของจิ้งจอกเก้าหาง และสุดท้ายนารุโตะจึงใช้คาถาที่ที่ตัวเองถนัดที่สุด(แยกเงาพันร่าง)ชนะเนจิลงไปได้และเนจิได้ถามนารุโตะว่าถนัดวิชานี้แต่นารุโตะกลับบอกว่าเค้าต้องซ้ำชั้น3ปีเพราะวิชานี้ โดยเมื่อเนจิแพ้ต่อนารูโตะ และอยู่ในห้องพยาบาล ลุงของเนจิ ฮิวงะ ฮิอาชิ ซึ่งเป็นฝาแฝดของพ่อ ได้เข้ามาเล่าเรื่องราวที่เกิดขึ้นจริงทั้งหมดเกี่ยวกับการเสียชีวิตของพ่อของเนจิ ที่เนจิเข้าใจผิดมาตลอด

ต่อมาเนจิได้ร่วมกับกลุ่มนารา ชิกามะรุ ในการตามตัว อุจิวะ ซาสึเกะ กลับหมู่บ้าน โดยระหว่างทางเนจิได้ต่อสู้กับ คิโดมารุ ผู้ใช้แมงมุม ซึ่งคิโดมารุได้เห็นจุดอ่อนของเนตรสีขาว ที่ไม่สามารถมองเห็นในบริเวณส่วนหลังเพียงไม่กี่องศา การต่อสู้ดำเนินไปอย่างดุเดือดจนกระทั่ง ในขณะนั้นคิโดมารุได้เปลี่ยนสภาวะขั้นที่2 ยิงธนูดอกแรก เนจิสามารถหลบได้อย่างหวุดหวิด ยิงธนูลูกที่สอง เพิ่มการควงสว่านแรงทำลายล้าง 120% เนจิโดนแต่หลบเฉียดจุดตาย เนจิจึงปล่อยจักระเข้าเชือกที่ต่อกับลูกธนู แล้วใช้หมัดสุดท้าย ทำให้เนจิสามารถเอาชนะคิโดมารุได้ และเนจิได้สลบไป

สามปีต่อมา เนจิได้เป็นโจนิน(นินจาระดับสูงสุด)และร่วมทีมกับ อาจารย์ไก ร็อค ลี และ เท็นเท็น ออกช่วยเหลือกาอาระ จากกลุ่มแสงอุษา ภายใต้คำสั่งของ ซึนาเดะ โดยระหว่างทาง ทั้งกลุ่มได้ร่วมกันต่อสู้กับร่างจักระ(มีพลังจากตัวจริงแค่ 30%)ของ โฮชิงากิ คิซาเมะ และไกก็ใช้ไม้ตายลับชนะไป ซึ่งภายหลังได้เจอกับกลุ่มของฮาตาเกะ คาคาชิ ที่หน้าปากถ้ำที่ซ่อนของกลุ่มแสงอุษา ต่อจากนั้นในสงครามนินจา เนจิถูกเซตสึดูดจักกระของตนและปลอมแปลงเป็นร่างของของเนจิไปลอบฆ่านินจาแพทย์ ใน Manga 614 เนจิถูกคาถาไม้ Mokuton,Sashiki no jutsu ของสิบหางเสียบร่างเพราะต้องการช่วยฮินาตะ กับ นารุโตะ ภายในสงครามนินจา หลังจากนั้นผนึกบนหน้าผากของเนจิ ก็ปลดผนึกลง เนจิตายข้างๆบ่าของนารุโตะ และฮินาตะ