ปัจจุบันได้แต่งงานกับ สมเด็จกิตติวุฒิบัณฑิต บุนรานี ฮุน เซน (เขมร: ប៊ុន រ៉ានី บุน รานี) มีบุตรทั้งหมดรวม 5 คน เป็นชาย 3 คน หญิง 2 คน แต่ทั้งสองได้รับลูกสาวบุญธรรมมาเลี้ยงอีก 1 คน ขณะที่เธออายุได้เพียง 18 วัน และให้ใช้นามสกุล "ฮุน" เหมือนลูกแท้ๆ ของตน มีลูกชาย 1 ใน 3 จบจากโรงเรียนนายร้อยเวสต์พอยต์ สถาบันการทหารอันดับ 1 ของสหรัฐฯ ลูกชายของท่านฮุน เซน ที่เอ่ยถึงมีชื่อว่า พล.ต.ฮุน มาเนต รองผบ.ทบ.กัมพูชา ซึ่งอาจจะมีบทบาทสำคัญในการเมืองของกัมพูชา ในอนาคต