คาซูกิ ทากาฮาชิ เคยทำงานอยู่บริษัทสร้างเกมแต่เพราะอยากเขียนการ์ตูนก็เลยวาดต้นฉบับเอาไว้ 100 หน้าแล้วเอาไปส่งที่สำนักพิมพ์ พอบรรณาธิการของสำนักพิมพ์เห็นจำนวนหน้าก็ตกใจแต่พอได้อ่านทั้งหมดก็เข้าก็เข้าใจว่าอยากจะเขียนเรื่องราวการต่อสู้แต่ในท้ายที่สุดก็ได้ถูกปฏิเสธ[4] ก่อนที่จะเขียนเรื่อง เกมกลคนอัจฉริยะ ทากาฮาชิเคยเดินทางไปเก็บข้อมูลที่อียิปต์[5]

ในช่วงการออกแบบของมังงะทากาฮาชิอยากจะวาดมังงะแนวสยองขวัญ[6] ถึงแม้ว่าผลลัพธ์ที่ออกมาจะเป็นมังงะเกี่ยวกับเกม แต่ก็ยังมีองค์ประกอบของสยองขวัญที่มีอิทธิผลต่อบางแง่มุมของเนื้อเรื่อง ทากาฮาชิตัดสินใจที่จะใช้ "การดวล" เป็นแก่นเรื่องหลักสำคัญ เนื่องจากมีมังงะเกี่ยวกับ "การต่อสู้" เยอะมากจึงทำให้ยากที่จะคิดค้นสิ่งที่ไม่เหมือนใคร สุดท้ายก็กำหนดลงไปว่า "การต่อสู้ที่ตัวละครหลักจะไม่โจมตีใคร" แต่ก็ต้องดิ้นรนกับข้อจำกัดดังกล่าว เมื่อคำว่า เกม เข้าไปในความคิดของทากาฮาชิและพบว่าหนทางข้างหน้าเปิดขว้างขึ้นทันที และนี้คือเหตุผลที่เขียน เกมกลคนอัจฉริยะ[7]

เมื่อผู้สัมภาษณ์ถามทากาฮาชิว่าเขาพยายามแนะนำผู้อ่านที่อายุน้อยกว่าให้กับเกมการเล่นที่อ้างอิงอยู่ในมังงะ ทากาฮาชิตอบว่าเขาเพียงรวบรวมเกมที่ "เคยเล่นและสนุก" และอาจจะทำให้ผู้อ่านรู้จักกับเกมสวมบทบาทและเกมอื่น ๆ ทากาฮาชิเสริมว่าเขาสร้างบางเกมที่เห็นอยู่ในมังงะ[8]

ทากาฮาชิได้ให้ความสนใจในเกมมาโดยตลอด โดยอ้างว่าเป็นเด็กที่ติดเกมและยังคงสนใจเกมในขณะที่ผู้ใหญ่ เขาชอบเล่นเกมที่มีผู้เล่นกลายเป็นฮีโร่ โดยตัดสินใจให้ เกมกลคนอัจฉริยะ เป็นเหมือนเกมดังกล่าวที่มี ยูกิเป็นเด็กที่อ่อนแอเมื่อเล่นเกมจะกลายเป็นฮีโร่ ทากาฮาชิคิดว่าเด็กทุกคนใฝ่ฝันที่จะอยากแปลงร่างได้ (変身) ซึ่งทำให้ยูกิแปลงร่างเป็นยูกิอีกคน (ยูกิด้านมืด) ทำให้นิสัยเปลี่ยนไปเป็นผู้เล่นเกมที่ฉลาดและไร้เทียมทาน เพื่อเป็นสิ่งดึงดูดสำหรับเด็ก[9] ตัวละครของไคบะ เซโตะนั้นอิงมาจากผู้เล่นสะสมการ์ดในชีวิตจริงที่มีนิสัยหยิ่งผยองซึ่งเอามาจากบุคคลที่อยู่ในเรื่องราวที่เพื่อนของทากาฮาชิเคยเล่าให้ฟัง[10]