หลังจากนั้นมา พล.อ.อ.เกษตรก็ได้มีบทบาทในทางการเมืองอย่างสูงผู้หนึ่ง โดยถูกมองว่าเป็นบุคคลที่ให้การก่อตั้งและสนับสนุนพรรคสามัคคีธรรม ที่ถูกวิจารณ์ว่าเป็นพรรคที่ก่อตั้งขึ้นมาเพื่อสืบทอดอำนาจของคณะ รสช. อีกทั้งเป็นบุคคลที่ถูกมองว่าจะดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีคนต่อไป นับจากนายอานันท์ ปันยารชุน หาก พล.อ.สุจินดา คราประยูร ไม่รับตำแหน่ง ซึ่งเป็นความเชื่อที่อ้างอิงมาจากคำพูดของ พล.อ.สุนทร คงสมพงษ์ ประธาณคณะ รสช.เองที่เคยกล่าวว่า

ถ้าสุไม่เอาก็ให้เต้

[1] และคำแถลงข่าวของ พล.อ.สุจินดา เมื่อปลายปี พ.ศ. 2534 ที่กล่าวว่า

และที่พูดกันว่า พล.อ.สุจินดา จะเป็น นายกฯ มั่ง พล.อ.อ.เกษตร จะเป็นนายกฯมั่ง ก็ขอยืนยันว่าทั้ง พล.อ.สุจินดา และ พล.อ.อ.เกษตรนั้น จะไม่เป็น นายกรัฐมนตรี

[2] ซึ่งเรื่องดังกล่าวก็ได้บานปลายต่อมาจนกลายเป็นเหตุการณ์พฤษภาทมิฬ ในปี พ.ศ. 2535 ในที่สุด

หลังเหตุการณ์พฤษภาทมิฬ พล.อ.อ.เกษตร ถูกปลดจากผู้บัญชาการทหารสูงสุดและผู้บัญชาการทหารอากาศ ไปเป็นจเรทหารทั่วไป[3] และได้ยุติบทบาททางการเมืองไป และไม่ยุ่งเกี่ยวกับวงการเมืองอีกเลยจนถึงปัจจุบันนี้ ทางด้านชีวิตครอบครัว พล.อ.อ.เกษตร สมรสกับ คุณหญิงวันทนา โรจนนิล (ปัจจุบันเสียชีวิตแล้ว) มีบุตรสาวด้วยกันทั้งหมด 3 คน คือ ผศ.เกศินี บูชาชาติ, ดร. กษมา โรจนนิล ยุกตะทัต และ กนิษฐา กอวัฒนา