เกอร์ทรูดเป็นธิดาในไฮน์ริชที่ 12 ดยุกแห่งบาวาเรีย ที่ประสูติแต่เคลเม็นท์เทียแห่งเซริงเงิน ราวปีค.ศ. 1152 หรือ 1155 เกอร์ทรูดเสกสมรสครั้งแรกกับฟรีดริชที่ 4 ดยุกแห่งชวาเบิน ในปีค.ศ. 1166 และตกพุ่มหม้ายในปีค.ศ. 1167 ในปีค.ศ. 1171 ทรงหมั้นและในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1177 เข้าพิธีอภิเษกสมรสกับเจ้าชายคนุดแห่งเดนมาร์ก ที่เมืองลุนด์ ทั้งสองพระองค์ประทับร่วมกันในสกัวเนอ ในวันที่ 12 พฤษภาคม ค.ศ. 1182 ทั้งสองได้กลายเป็นพระมหากษัตริย์และสมเด็จพระราชินี แต่ก็ไม่มีพระโอรสธิดา พระนางทรงมีพระประสงค์ที่จะครองตนเป็นพรหมจรรย์เช่นเดียวกับพระสวามี พระที่ชื่อว่า อาร์โนลด์แห่งลือแบร์ก ได้จดจำถึงทั้งสองพระองค์ว่า ทรงเป็น "สตรีที่ครองพรหมจรรย์ยิ่งที่สุดคนหนึ่งทรงใช้ชีวิตร่วมกับคู่ครองที่ทรงพรหมจรรย์เช่นกัน" และทรงครองพรหมจรรย์จวบจนสิ้นพระชนม์