เกาะนาแวสซามีขนาดประมาณ 2 ตารางไมล์ (5.2 ตารางกิโลเมตร) โดยเกาะตั้งอยู่บนจุดยุทธศาสตร์ห่างจากฐานทัพเรือสหรัฐอเมริกาที่อ่าวกวนตานาโม ในคิวบาประมาณ 100 กิโลเมตรหรือ 90 ไมล์ทะเล ซึ่งคิดเป็นหนึ่งในสี่ของระยะทางจากจาเมกาไปยังเฮติ โดยจุดที่สูงที่สุดสูงประมาณ 77 เมตรอยู่ห่างจากประภาคารนาแวสซาไอแลนด์ไลต์ (Navassa Island Light) ไปทางใต้ประมาณ 100 เมตร[2]

ลักษณะภูมิประเทศของเกาะนาแวสซาส่วนใหญ่แล้วจะประกอบไปด้วยหินปูนและยอดของแนวปะการังที่โผล่พ้นน้ำ โดยชายฝั่งของเกาะเป็นหน้าผาสูง 15 เมตร แต่บนเกาะเองก็มีทุ่งหญ้าที่ใหญ่พอที่จะให้ฝูงแพะมาอาศัยอยู่ได้ นอกจากนี้บนเกาะยังมีต้นไม้ตระกูลมะเดื่อและกระบองเพชรขึ้นกระจายอยู่ทั่วไป โดยทั่วไปแล้วลักษณะภูมิประเทศและนิเวศวิทยาของเกาะนาแวสซาคล้ายคลึงกับเกาะโมนา ซึ่งเป็นเกาะหินปูนขนาดเล็กอยู่ในช่องแคบโมนาที่ตั้งอยู่ระหว่างเฮติกับสาธารณรัฐโดมินิกัน นอกจากนี้ประวัติศาสตร์ของทั้งสองเกาะนี้ยังคล้ายคลึงกันมากอีกด้วย กล่าวคือ ทั้งสองเกาะเป็นดินแดนของสหรัฐอเมริกา เคยผ่านการทำเหมืองกัวโนมาแล้ว และปัจจุบันนี้ได้ถูกประกาศให้เป็นเขตคุ้มครองธรรมชาติเหมือนกัน นอกจากชาวประมงเฮติและคนอื่น ๆ ที่มักแวะเวียนมาพักบนเกาะนี้ เกาะนาแวสซาไม่มีผู้คนอาศัยอยู่แต่อย่างใด ดังนั้นบนเกาะจึงไม่มีท่าเรืออยู่เลย ทรัพยากรธรรมชาติอย่างเดียวของเกาะ คือ ปุ๋ยขี้นก (guano) ที่นิยมมาใช้ทำปุ๋ย กิจกรรมทางเศรษฐกิจอื่น ๆ ประกอบไปด้วยการประมงขนาดเล็กและการลากอวนเชิงพาณิชย์เท่านั้น