เกาะบอร์เนียวล้อมรอบด้วยทะเลจีนใต้ทางทิศตะวันตกและตะวันตกเฉียงเหนือ ทะเลซูลูทางตะวันออกเฉียงเหนือ ทะเลเซเลบีสกับช่องแคบมากัสซาร์ทางตะวันออก และทะเลชวากับช่องแคบการีมาตาทางใต้

ดินแดนทางตะวันตกของเกาะบอร์เนียวได้แก่ คาบสมุทรมลายูและเกาะสุมาตรา ทางใต้ได้แก่ เกาะชวา ทางตะวันออกได้แก่ เกาะซูลาเวซีและหมู่เกาะโมลุกกะ ส่วนทางตะวันออกเฉียงเหนือได้แก่ หมู่เกาะฟิลิปปินส์

จุดสูงที่สุดของเกาะบอร์เนียว คือภูเขากีนาบาลูในรัฐซาบะฮ์ ประเทศมาเลเซีย มีความสูง 4,101 เมตร เหนือระดับน้ำทะเล