เกาะยอตั้งอยู่กลางทะเลสาบสงขลาตอนล่าง มีเนื้อที่รวมทั้งพื้นน้ำ 17.95 ตารางกิโลเมตร หรือประมาณ 11,220 ไร่ และมีเนื้อที่เฉพาะพื้นดินเพียง 15 ตารางกิโลเมตร หรือ 9,375 ไร่[4] พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นภูเขาและเนินเขา สูง 10 ถึง 151 เมตร มีที่ราบขนาดน้อยโดยเป็นที่ราบเนินเขาริมชายฝั่ง[3] บนเกาะมีแหล่งน้ำธรรมชาติน้อยต้องขุดบ่อน้ำโดยใช้น้ำจากใต้ดิน[4]

จากที่นี่ห่างจากที่ว่าการอำเภอเมืองสงขลา 20 กิโลเมตรทางบก และ 6 กิโลเมตรหากเป็นทางเรือ[4] การเดินทางทางบกใช้สะพานติณสูลานนท์ ข้ามมาจากฝั่งอำเภอเมืองและอำเภอสิงหนครได้[1]