ฮกไกโดเป็นถิ่นที่อยู่ของชาวไอนุตั้งแต่ยุคก่อนประวัติศาสตร์ ชื่อสถานที่หลายแห่งบนเกาะเช่นเมืองซัปโปโระก็เป็นภาษาไอนุ

ฮกไกโดเคยมีชื่อว่าเอโซะจนสิ้นยุคเมจิ ในช่วงสงครามโบชินเมื่อปี พ.ศ. 2411 (ค.ศ. 1868) กองกำลังสนับสนุนรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะซึ่งนำโดยเอโนโมโตะ ทาเกอากิ ได้ประกาศเป็นรัฐอิสระในนามสาธารณรัฐเอโซะ แต่ก็ล่มสลายในปี พ.ศ. 2412 (ค.ศ. 1869) ภายหลังแบ่งเขตการปกครองเป็น 4 ส่วน

เกี่ยวกับชื่อ

ชื่อ ฮกไกโด ในภาษาญี่ปุ่นเขียนว่า 北海道 โรมาจิสะกดว่า Hokkaidō หมายถีง "เส้นทางสู่ทะเลเหนือ" ฮกไกโดเป็นทั้งชื่อเกาะ เขตแดนและจังหวัดในประเทศญี่ปุ่น ซึ่งจะมีให้เห็นคำว่า เกาะฮกไกโด ซึ่งกล่าวถึงเกาะโดยรวม เขตฮกไกโดกล่าวในลักษณะโดยรวมของบริเวณทางส่วนเหนือของญี่ปุ่น แต่จะไม่เพิ่มคำว่าจังหวัดลงหน้าชื่อฮกไกโด เนื่องจากคำว่า โด (道) ในชื่อฮกไกโดมีความหมายว่าจังหวัดอยู่แล้ว

สำหรับชื่อจังหวัดนี้ในชาวไทยนั้นนิยมเรียกว่า "ฮอกไกโด" เสียมากกว่า แต่การอ่านออกเสียงที่ถูกต้องของชื่อจังหวัดนี้คือ "ฮกไกโด"