เกาะมีขนาดราว 180 กิโลเมตรตามแนวเหนือ-ใต้ และกว้างที่สุดราว 65 กิโลเมตร ทางเหนือเกือบติดต่อกับเกาะซามา คั่นด้วยช่องแคบซานฮวนนิโค ซึ่งบางจุดนั้นมีความกว้างเพียง 2 กิโลเมตร จังหวัดเกาะบิลิรันยังอยู่ทางเหนือของเลย์เต และเชื่อมกับเกาะเลย์เตด้วยสะพานข้ามช่องแคบบิลิรัน ทางใต้ของเกาะแยกจากเกาะมินดาเนาด้วยช่องแคบซูริเกา ทางตะวันออก เลย์เตเป็นเหมือนสิ่งขวางกั้นทะเลฟิลิปปินส์จากมหาสมุทรแปซิฟิก ซามาทางตะวันออกเฉียงเหนือและดินากัต (Dinagat) ทางตะวันออกเฉียงใต้ เป็นอ่าวเลย์เต ทางตะวันตกเป็นเกาะเซบูและโบฮอล

เลย์เตเป็นเกาะที่มีพื้นที่ป่าและภูเขาหนาแน่น แต่หุบเขาเลย์เตทางตะวันออกเฉียงเหนือเป็นพื้นที่ที่มีการเกษตรอย่างมาก