เกาะไม้ซี้เป็นเกาะขนาดเล็กพื้นที่ประมาณ 1.602 ตารางกิโลเมตร[5] และเป็นหนึ่งในสามเกาะในกลุ่มเกาะกูด (Ko Kut Archipelago) อยู่ห่างจากเกาะกูดทางด้านทิศตะวันตกเฉียงเหนือประมาณ 1 กิโลเมตร ใกล้อ่าวสลักอวน (อ่าวสลัด) มีรูปทรงคล้ายสี่เหลี่ยมขนมเปียกปูน ทั้งเกาะเป็นเนินขนาดย่อมพื้นผิวด้านบนตัดราบบางส่วนจากการสร้างสนามบิน