ผิดกับเกมอาร์พีจีส่วนใหญ่ ฉากของเกมในตระกูลเก็นโซซุยโคเด็นทุกเกมตั้งอยู่ในโลกโลกเดียวกัน โดยโลกโลกนี้เป็นโลกที่มีเวทมนตร์แต่วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยียังไม่เจริญก้าวหน้า มีมนุษย์​และชนเผ่าอื่นๆ เช่น เอลฟ์, คนแคระ, โคโบลด์ ฯลฯ อาศัยอยู่ร่วมกัน และเต็มไปด้วยสัตว์ประหลาด เช่น มังกร, กริฟฟอน ฯลฯ คล้ายกับโลกแฟนตาซีในนวนิยายหลายๆ เรื่องและเกมหลายๆ เกม อย่างไรก็ดี​โลกของเก็นโซซุยโคเด็นนั้นก็มีลักษณะเฉพาะตัวอยู่หลายประการ ได้แก่​

เวทมนตร์และรูน

​พลังของธาตุต่างๆ ในธรรมชาติ เช่น ดิน น้ำ ลม ไฟ หรือพลังวิเศษต่างๆ ในโลกของเก็นโซซุยโคเด็นจะรวมตัวและปรากฏอยู่ในรูปของ​รูน (ญี่ปุ่น:紋章, อังกฤษ:rune) โดยรูนในเก็นโซซุยโคเด็นนั้นเป็นภาพอักษรที่เกิดขึ้นเองโดยธรรมชาติอยู่ในลูกแก้วที่สามารถขุดขึ้นมาจากดิน และสามารถถูกสกัดออกมาจากลูกแก้วมาสักไว้บนมือทั้งสองหรือหน้าผาก ทำให้คนที่มีรูนสักอยู่สามารถใช้เวทมนตร์คาถาของยันตร์นั้นได้ ยกตัวอย่างเช่น ผู้มีรูนแห่งไฟจะสามารถใช้คาถา "ระเบิด" (Explosion) ได้เป็นต้น​นอกจากนี้รูนยังสามารถถูกสักลงบนผ้าเพื่อทำเป็น ผ้ายันตร์ (scroll) ซึ่งช่วยให้คนสามารถใช้เวทมนตร์ได้โดยไม่ต้องสักรูนลงบนร่างกาย​

รูนแท้จริงทั้ง 27

รูนแท้จริง (ญี่ปุ่น: 真の紋章,​ อังกฤษ: True Rune) เป็นรูนที่มีพลังอำนาจมากกว่ารูนทั่วๆ ไปมีอยู่ 27 รูน แต่มีเพียง 18 รูนเท่านั้นที่อยู่ในเกมเก็นโซซุยโคเด็นที่ผ่านมา (เมษายน 2549) รูนแท้จริงแต่ละรูนเป็นตัวแทนของพลังแห่งธรรมชาติหนึ่งชนิด แต่ละรูนมีจิตเป็นของตัวเองทำให้มันสามารถเลือกคนที่จะถือครองหรือสิ่งของที่มันจะไปสถิตย์อยู่ได้ ผิดกับรูนทั่วไปที่จะสักไว้บนใครหรือสิ่งของใดก็ได้ ผู้ถือครองรูนแท้จิง โดยส่วนมากจะมีชีวิตเป็นอมตะแต่รูนแท้บางรูนจะดูดกินชีวิตของคนถือครองมัน เนื่องจากรูนแท้จริงเป็นบ่อเกิดแห่งพลังอันมหาศาลพวกมันจึงเป็นชนวนของสงครามหลายๆ สงครามในโลกของเก็นโซซุยโคเด็น​

ดวงดาวแห่งโชคชะตาทั้ง 108

ดวงดาวแห่งโชคชะตาทั้ง 108 (ญี่ปุ่น: 108宿星; อังกฤษ: 108 Stars of Destiny) เป็นคำเรียกชื่อตัวละคร 108 ตัวที่ตัวละครเอกในเกมชักชวนมาเข้าร่วมกองทัพ โดยชื่อเรียกและแนวความคิดได้รับแรงบัลดาลใจมาจากวรรณกรรมจีนเรื่อง 108 ผู้กล้าหาญแห่งเขาเหลียงซาน อย่างไรก็ดีตัวละครที่ผู้เล่นควบคุมได้บางตัวอาจไม่เป็นส่วนหนึ่งของดวงดาวแห่งโชคชะตาทั้ง 108 นอกจากนี้ในเก็นโซซุยโคเด็น III ตัวละครฝ่ายศัตรู 4 ตัวยังได้รับตำแหน่งเป็นหนึ่งในดวงดาวทั้ง 108 อีกด้วย

ดวงดาวแห่งโชคชะตาทั้ง 108 แบ่งออกเป็นสองกลุ่ม คือ ดาวแห่งสวรรค์　(ญี่ปุ่น: 天の星; อังกฤษ: Stars of Heaven) 36 ดวง และ ดาวแห่งพิภพ (ญี่ปุ่น: 地の星; อังกฤษ: Stars of Earth) 72 ดวง โดยชื่อของดวงดาวในเกมภาคต่างๆ มีดังตารางต่อไปนี้ (คำอ่านของชื่อดาวหลายดวงเป็นคำพ้องเสียงซึ่งเขียนต่างกันในภาษาญี่ปุ่น)